Preoperative window-of-opportunity (WOO) study of dacomitinib (Dac) in patients (Pts) with resectable oral cavity squamous cell carcinoma (OCC): Generation of a gene expression signature (DGS) as a predictor of Dac activity.
Notice bibliographique
Résumé
6041 Background: Dac is a potent, irreversible oral pan-HER tyrosine kinase inhibitor (TKI) with activity demonstrated in a multi-center phase II trial as first-line treatment in pts with recurrent and/or metastatic squamous cell carcinoma of the head and neck (SCCHN) (NCT01449201; Razak et al. Ann Oncol 2013). No predictive biomarkers currently exist for Dac. Methods: WOO is a single-center, investigator-initiated study which enrolled pts with untreated resectable OCC, ECOG 0-2, and adequate organ functions. Pts were randomized 2:1 to Dac 45 mg or placebo QD for 7-11 days prior to surgery. Pre- and post-treatment (surgical specimen) samples were collected. Study objectives: (1) to evaluate a gene expression signature as a predictor of response to Dac, (2) to assess Ki67 modulation by Dac on paired tumor samples. DGS generation and validation: Using pre- and post-treatment fresh tumor biopsies from 7 pts in the NCT01449201 study as a discovery set, DASL HT12 Illumina gene expression array was performed on RNA. Genes differentially expressed in two groups were identified: pre- vs. post-treatment samples and pts with short vs. long progression-free survival (< 10 weeks vs. > 10 weeks). Genes commonly deregulated in both groups defined the signature DGS. DGS was then applied to pre-treatment samples from the WOO study as a validation, blinded to clinical response. Euclidean distance was used for complete-linkage clustering. Results: 14 pts were enrolled in the WOO study with evaluable samples from 10 pts (Dac/Placebo 8:2; response: yes/no/unknown 4/5/1). In the discovery set, a signature of 47 commonly-deregulated genes was found to be capable of dividing patients as high- or low-expressers pre-treatment. Patients clustered as high-expressers were more likely to be good-responders after treatment (RR = 3.75, 95% C.I. 0.8-21.7). No difference was observed in pre- post-treatment Ki67 between pts on Dac or placebo, nor between responders and non-responders. Conclusions: DGS may identity a subgroup of SCCHN pts more likely to respond to Dac; further validation in other Dac-treated SCCHN pts is ongoing. Clinical trial information: NCT01116843.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».