Abstract A42: Identification of glutamate and aspartate ADP-ribosylation sites onto histones by mass mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Chromatin structure and function is regulated by histone post-translational modifications. Histone proteins are subject to a variety of post-translational modifications that can work combinatorially to alter the transcriptional state or the repair of DNA damage. The landscape of histone modifications includes mono- and poly(ADP-ribosylation), which can directly alter nucleosome structure and DNA accessibility. ADP-ribosylation occuring on glutamate and aspartate residues was the most intensively studied histone ADP-ribosylation modification in the past, primarily because these carboxylester-type ADP-ribose–protein bonds were the most susceptible to hydroxylamine hydrolysis, a particularly fast and efficient method of protein de-ADP-ribosylation. Taking advantage of hydroxylamine-based developments in the identification of ADP-ribosylated residues by liquid-chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS), we generated a repertoire of glutamate- and aspartate-specific ADP-ribosylation sites onto histones. In our study, high confidence MS/MS-assigned ADP-ribosylation site identification onto a combination of in vitro and in vivo ADP-ribosylated histones revealed that all five major classes of histones are targets for D/E ADP-ribosylation. We found that the histone tails are not the sole location of the sites of ADP-ribosylation. Significant ADP-ribosylation sites were located in central globular regions of histones adding to the complexity of the histone modification landscape. Citation Format: Jean-Philippe Gagné, Florence Roux-Dalvai, Daniel Defoy, Arnaud Droit, Hendzel J. Michael, Guy G. Poirier. Identification of glutamate and aspartate ADP-ribosylation sites onto histones by mass mass spectrometry [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on DNA Repair: Tumor Development and Therapeutic Response; 2016 Nov 2-5; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Res 2017;15(4_Suppl):Abstract nr A42.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».