Phylogeny of<i>Cladonia uncialis</i>(<i>Cladoniaceae</i>, Lecanoromycetes) and its allies
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The species fromCladoniasectionUncialesare characterized by the absence of squamules and soredia on the corticate podetia and the presence of usnic acid. Different subspecies, varieties and forms have been distinguished in the type speciesC. uncialis. In this study, a molecular phylogeny ofCladonia uncialisand members of the traditionally recognized sectionUnciales, along with additional potentially allied species, was constructed. DNA sequences from three gene loci, namely ITS rDNA, IGS rDNA andß-tubulin, were analyzed using Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, and Bayesian methods. Eleven species were analyzed for the first time using DNA sequence data.Cladonia uncialissubsp.uncialisand subsp.biuncialiswere recognized as distinct taxa. The recognition ofC. pseudostellataas a species was not supported by the analyses, but it represents a hypothamnolic acid chemotype, which is reported here as new to Europe (Scotland). The presence of subsp.biuncialisin North America (Newfoundland) was substantiated. The subsp.uncialisusually lacks squamatic acid, but in the eastern United States a morph referred to as subsp.uncialisdoes normally contain that acid. However, this morph did not attain taxonomic recognition based on phylogenetic analyses. All the other taxa formerly included in sect.Uncialesturned out to belong to other groups ofCladonia, mainlyAmaurocraeae,Borya,Divaricatae, andPerviae.The formerly recognized genusCladina(reindeer lichens) is non-monophyletic, consisting of three groups withinCladonia, making the conceptCladinaeven nomenclaturally useless. Alternative topology tests rejected the monophyly ofC. pseudostellata, sectionUncialesandCladina.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».