Notice bibliographique
Résumé
Global regulators each control hundreds of genes in bacteria, and it is still unclear how these regulators evolve, especially considering that gene regulation changes more rapidly than the regulated genes themselves.Leucine-responsive regulatory protein (Lrp) is a global regulator in enteric bacteria, controlling both metabolic and virulenceassociated genes.Lrp orthologs are found among both Bacteria and Archaea.Surprisingly, even within the phylum γ-Proteobacteria, Lrp is a global regulator in some orders and a local regulator in others.This raises important questions about the evolution of Lrp functions.The way global regulators function is crucially important to bacterial physiology.This thesis presents studies on the evolution and regulation pattern of Lrp, carried out with the goal of providing insights into global regulators more generally.Two independent studies of Lrp were carried out.The first compared Lrp sequences from four bacterial orders within the γ-Proteobacteria: Enterobacteriales, Vibrionales, Pasteurelalles, and Alteromonadales.AsnC was also analyzed in parallel for comparison, as it is a paralog of Lrp that in all known cases is a local regulator controlling a small number of genes.As expected, Lrp and AsnC sequences formed two
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».