283 Effects of condensed tannins on bacterial and fungal core microbiomes involved in the ensiling and aerobic spoilage of purple prairie clover (Dalea purpurea Vent.) silage
Notice bibliographique
Résumé
Effects of condensed tannins (CT) on rumen microbes have been well documented, whereas little information exists about their effects on the microbial communities involved in ensiling. The objective of this study was to determine the effects of CT on the composition and diversity of bacterial and fungal core microbiomes associated with ensiling and aerobic spoilage of purple prairie clover (PPC). Purple prairie clover (Dalea purpurea Vent.; 60 g CT/kg DM) was harvested at full flower and ensiled in polyvinyl chloride laboratory silos with and without polyethylene glycol (PEG) for 76 d. Silage was then subjected to aerobic exposure for 14 d. Bacterial and fungal core microbiomes in the silage and in the aerobically exposed silage were examined using real-time qPCR and high-throughput sequencing. Real-time qPCR analysis revealed that PPC ensiled without PEG exhibited less (P < 0.01 to approximately 0.001) gene copy numbers of total bacteria, Lactobacillus, yeasts, and fungi than PEG-treated silage. This trend was also observed for d-7 aerobically exposed silage with the exception of Lactobacillus, which had greater (P < 0.05) gene copy numbers for non-PEG than for PEG-treated silage. Metagenome analyses generated a total of 4,273,668 bacterial sequences and 3,455,929 fungal sequences, which were assigned to 225 bacterial and 142 fungal genera, respectively. Addition of PEG increased (P < 0.001) the abundance of Lactobacillus and Pediococcus but decreased (P < 0.01) that of Lactococcus, Leuconostoc, Agrobacterium, Erwinia, Methylobacterium, Pseudomonas, and Sphingomonas. The abundance of the fungal genera Colletotrichum, Xylogone, Galactomyces, Penicillium, Fusarium, and Cryptococcus in silage were also increased (P < 0.05) by PEG. Diversity measurements of bacterial and fungal communities indicated that addition of PEG decreased (P < 0.01) the number of microbial core genome operational taxonomic units (OTU), ACE, Chao 1, and Shannon indexes. It did not affect the diversity of fungal communities. The PEG-treated silage had a higher (P < 0.001) abundance of Pediococcus but less (P < 0.001) Lactococcus and Leuconostoc than non-PEG silage after aerobic exposure. The PEG-treated silage also had a greater (P < 0.05 to approximately 0.01) abundance of Colletotrichum, Penicillium, and Fusarium at d 7 and greater (P < 0.05 to approximately 0.001) abundance of Candida, Colletotrichum, Wickerhamomyces, Penicillium, and Pterula after aerobic exposure. The observed bacterial and fungal OTU, ACE and Chao 1 were lower (P < 0.05) for PEG-treated than for non-PEG treated silage after aerobic exposure. The results indicated that CT decreased population of majority bacteria, fungus, and yeast but increased bacterial diversity during ensiling and aerobic deterioration but increased fungal diversity only after aerobic exposure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».