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Enregistrement W2611062274

Etude des mortalités estivales de naissain de Crassostrea gigas à Fouras

2001· article· fr· W2611062274 sur OpenAlexaboutno aff
Mickaël Meyrand

Notice bibliographique

RevueInstitutional Archive of Ifremer (French Research Institute for Exploitation of the Sea) · 2001
Typearticle
Languefr
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueMarine Bivalve and Aquaculture Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHumanitiesGeographyArtForestry
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

L'ostréiculture en France se concentre sur le littoral Ouest Atlantique. En effet, le Bassin d'Arcachon et de Marennes d'Oléron représentent la majorité de la production nationale en huîtres. Cependant, cette activité est fragile et subit régulièrement des épizooties difficiles à combattre et pouvant entraîner d'importantes mortalités. En effet, la succession de maladies d'origines diverses a déjà causé d'importants dégâts. Dans les années 1970, l'huître portugaise, Crassostrea angulata, fût atteinte d'une infection virale (Iridovirus) qui décima tous les cheptels, tandis que l'ensemble de la production d'huîtres plates était successivement parasitée par deux protozoaires, Marteilia refringens (Bonami et Grizel, 1971) et Bonamia ostreae (Comps et al., 1980). C'est pourquoi, vers la fin des années 70, l'ensemble du bassin ostréicole fut réensemencé à partir d'une autre espèce importée massivement, la Japonaise Crassostrea gigas, en provenance du Canada et du Japon. Celle-ci semble s'être bien adaptée aux conditions du milieu offert par l'environnement local et est aujourd'hui la plus élevée dans le milieu ostréicole français, d'où son importance économique. Cependant, en 1986 des mortalités estivales ont été décrites localement (Bodoy et al., 1988). Depuis 1991 , des épisodes de mortalités ont été observés sur l'ensemble du littoral français (Renault et al. , 1994b). Se présentant sous forme sporadique surtout en période estivale, ces mortalités touchent le naissain produit en écloserie ou provenant du captage naturel. Des études effectuées sur des populations d'adultes montrent que la mortalité varie avec la saison, qu'elle s'intensifie avec la température, en période de pré-ponte et avec le catabolisme du glycogène (P. Soletchnik et al., 1999). Cependant, les causes réelles des mortalités anormales décrites chez le naissain de C. gigas, n'ont pas encore été complètement élucidées, en effet d'une année sur l'autre et d'un site à l'autre les mortalités sont différentes, ce qui ne favorise pas l'étude de ce phénomène. Une étude portant sur des larves et du naissain (âgé de sept à huit mois) issus d'épisodes de mortalité de 1991 , par examen histologique suivis de recherche en microscopie électronique, ont mis en évidence la présence de particules virales (Renault et al., 1994). Ces particules présentaient toutes les caractéristiques des Herpesviridae. En 1994 et 1995 cette infection a également été détectée sur des lots de naissain issus de forts épisodes de mortalités de toutes les côtes françaises. Afin de valider l'hypothèse d'une infection virale lors des mortalités estivales, il a donc fallu travailler sur un nombre d'échantillons plus grand et optimiser la technique de détection. Un protocole de détection du virus type herpès par la méthode de la "Polymerase Chain réaction" (PCR) a été mis au point (Renault et al., 1996). Depuis 1997, un suivi régulier des mortalités estivales des naissains de C. gigas est établit sur le site de Fouras. Le protocole d'échantillonnage permettant d'estimer la mortalité a été étudié en 1997, et dès 1998 le suivi a été complété par l'étude d'autres facteurs: évolution de la prévalence du virus de type Herpès et de la maturation sexuelle (G. Allard, 1998), évaluation du taux de glycogène (M. Raude, 1999) au cours de la période estivale. Ces années là, les mortalités constatées sur le naissain d'huître creuse étaient relativement faibles. La période de détection du virus con-espondait au déman-age des mortalités mais le nombre d'invidus infectés par PCR était relativement faible. Des différences de mortalités avaient été constatées entre des concessions distantes de 50 m, et des poches d'une même concession. Afin de vérifier si la détection du virus n'est pas sous estimée, le pas de temps d'échantillonnage est restreint à une semaine et le diagnostic de la présence du virus effectué par PCR est confiD'Ué par une seconde technique reposant sur une technique d'Hybridation In situ (HIS). D'autre part, afin d'expliquer les différences de mortalité observées précédemment, on partira d'une origine commune de naissain qui subira exactement la même zootechnie quelque soit la poche et la concession étudiée. On n'étudiera donc pas la zootechnie. L'objet ce stage visera donc à estimer les mortalités estivales de naissain, à les corréler éventuellement avec différents paramètres environnementaux (température, oxygène dissous, salinité) et la présence de virus Herpès. Cette année, d'autres facteurs seront étudiés dans d'autres laboratoires sur d'autres facteurs, sur le même matériel biologique, recherchant par exemple l'impact de facteurs physiologiques, dans le cadre d'un programme MOREST. Enfin, une base de données de pathologie, intégrée au sein d'un logiciel d'information géographique (ARCVIEW), sera complétée afin d'apporter des données historiques, sur le site de Fouras. Le critère légal (Décret 98-391, de mai 1998) pour définir les mortalités anormales est une mortalité supérieure à 15 % en 15 jours pour du naissain ou des adultes. L'étude des mortalités est une obligation de l'IFREMER dès que ce seuil est atteint, et l'objet du réseau de pathologie des mollusques (REPAMO) est d'en exclure l'origine infectieuse (Thébault,1999). Fouras est un site sentinelle pour l'étude des mortalités du naissain pour le REPAMO.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Études des sciences et des technologies
Catégories consensuellesÉtudes des sciences et des technologies
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,133
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,010
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,115
Tête enseignante GPT0,372
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2001
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Résumé présentoui

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