Etude des mortalités estivales de naissain de Crassostrea gigas à Fouras
Bibliographic record
Abstract
L'ostréiculture en France se concentre sur le littoral Ouest Atlantique. En effet, le Bassin d'Arcachon et de Marennes d'Oléron représentent la majorité de la production nationale en huîtres. Cependant, cette activité est fragile et subit régulièrement des épizooties difficiles à combattre et pouvant entraîner d'importantes mortalités. En effet, la succession de maladies d'origines diverses a déjà causé d'importants dégâts. Dans les années 1970, l'huître portugaise, Crassostrea angulata, fût atteinte d'une infection virale (Iridovirus) qui décima tous les cheptels, tandis que l'ensemble de la production d'huîtres plates était successivement parasitée par deux protozoaires, Marteilia refringens (Bonami et Grizel, 1971) et Bonamia ostreae (Comps et al., 1980). C'est pourquoi, vers la fin des années 70, l'ensemble du bassin ostréicole fut réensemencé à partir d'une autre espèce importée massivement, la Japonaise Crassostrea gigas, en provenance du Canada et du Japon. Celle-ci semble s'être bien adaptée aux conditions du milieu offert par l'environnement local et est aujourd'hui la plus élevée dans le milieu ostréicole français, d'où son importance économique. Cependant, en 1986 des mortalités estivales ont été décrites localement (Bodoy et al., 1988). Depuis 1991 , des épisodes de mortalités ont été observés sur l'ensemble du littoral français (Renault et al. , 1994b). Se présentant sous forme sporadique surtout en période estivale, ces mortalités touchent le naissain produit en écloserie ou provenant du captage naturel. Des études effectuées sur des populations d'adultes montrent que la mortalité varie avec la saison, qu'elle s'intensifie avec la température, en période de pré-ponte et avec le catabolisme du glycogène (P. Soletchnik et al., 1999). Cependant, les causes réelles des mortalités anormales décrites chez le naissain de C. gigas, n'ont pas encore été complètement élucidées, en effet d'une année sur l'autre et d'un site à l'autre les mortalités sont différentes, ce qui ne favorise pas l'étude de ce phénomène. Une étude portant sur des larves et du naissain (âgé de sept à huit mois) issus d'épisodes de mortalité de 1991 , par examen histologique suivis de recherche en microscopie électronique, ont mis en évidence la présence de particules virales (Renault et al., 1994). Ces particules présentaient toutes les caractéristiques des Herpesviridae. En 1994 et 1995 cette infection a également été détectée sur des lots de naissain issus de forts épisodes de mortalités de toutes les côtes françaises. Afin de valider l'hypothèse d'une infection virale lors des mortalités estivales, il a donc fallu travailler sur un nombre d'échantillons plus grand et optimiser la technique de détection. Un protocole de détection du virus type herpès par la méthode de la "Polymerase Chain réaction" (PCR) a été mis au point (Renault et al., 1996). Depuis 1997, un suivi régulier des mortalités estivales des naissains de C. gigas est établit sur le site de Fouras. Le protocole d'échantillonnage permettant d'estimer la mortalité a été étudié en 1997, et dès 1998 le suivi a été complété par l'étude d'autres facteurs: évolution de la prévalence du virus de type Herpès et de la maturation sexuelle (G. Allard, 1998), évaluation du taux de glycogène (M. Raude, 1999) au cours de la période estivale. Ces années là, les mortalités constatées sur le naissain d'huître creuse étaient relativement faibles. La période de détection du virus con-espondait au déman-age des mortalités mais le nombre d'invidus infectés par PCR était relativement faible. Des différences de mortalités avaient été constatées entre des concessions distantes de 50 m, et des poches d'une même concession. Afin de vérifier si la détection du virus n'est pas sous estimée, le pas de temps d'échantillonnage est restreint à une semaine et le diagnostic de la présence du virus effectué par PCR est confiD'Ué par une seconde technique reposant sur une technique d'Hybridation In situ (HIS). D'autre part, afin d'expliquer les différences de mortalité observées précédemment, on partira d'une origine commune de naissain qui subira exactement la même zootechnie quelque soit la poche et la concession étudiée. On n'étudiera donc pas la zootechnie. L'objet ce stage visera donc à estimer les mortalités estivales de naissain, à les corréler éventuellement avec différents paramètres environnementaux (température, oxygène dissous, salinité) et la présence de virus Herpès. Cette année, d'autres facteurs seront étudiés dans d'autres laboratoires sur d'autres facteurs, sur le même matériel biologique, recherchant par exemple l'impact de facteurs physiologiques, dans le cadre d'un programme MOREST. Enfin, une base de données de pathologie, intégrée au sein d'un logiciel d'information géographique (ARCVIEW), sera complétée afin d'apporter des données historiques, sur le site de Fouras. Le critère légal (Décret 98-391, de mai 1998) pour définir les mortalités anormales est une mortalité supérieure à 15 % en 15 jours pour du naissain ou des adultes. L'étude des mortalités est une obligation de l'IFREMER dès que ce seuil est atteint, et l'objet du réseau de pathologie des mollusques (REPAMO) est d'en exclure l'origine infectieuse (Thébault,1999). Fouras est un site sentinelle pour l'étude des mortalités du naissain pour le REPAMO.
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How this classification was reachedexpand
Full frame distilled prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.
Codex and Gemma teacher scores by category
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.003 | 0.004 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.010 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.001 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.000 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; both teacher heads agree on what is shown here.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".