Distribution of circular single‐stranded <scp>DNA</scp> viruses associated with benthic amphipods of genus <i>Diporeia</i> in the Laurentian Great Lakes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Benthic amphipods of genus Diporeia are key indicators of ecosystem health and were the most abundant invertebrate in the four deep Laurentian Great Lakes until the mid‐1990s. The mechanism(s) responsible for declines in Diporeia abundance in Lakes Huron, Michigan and Ontario remain contentious. A previous study identified a circular replication initiator protein‐encoding single‐stranded (CRESS) DNA virus, LM29173, associated with Diporeia populations. This study surveys the distribution of CRESS‐DNA viral genotypes in amphipods from several populations and investigates the relationship between viral presence and nutritional quality of the amphipod. We show that CRESS‐DNA virus‐like sequences are common in Diporeia nanobiomes, and are detectable as free particles in virioplankton. Among three identified CRESS‐DNA viral genotypes (LM29173, LM122 and LH481), LM29173 is a recurrent and prevalent constituent of Lake Michigan and Lake Huron Diporeia ‐associated viral consortia, with genotype load averaging 726–3,643 copies mg −1 of tissue. LM29173 abundance coincides with amphipod haplotype demographics, and was more prevalent among Diporeia from the southern clade (Lakes Michigan, Huron, New York Finger Lakes) than northern clade (Lake Superior), irrespective of the state of population decline. We expected that the association of CRESS‐DNA viruses would impart costs to amphipod physiology. However, viral load of LM29173 did not correlate with amphipod nutritional quality (lipid content, C:N stoichiometry).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».