The malleable gut microbiome of juvenile rainbow trout (Oncorhynchus mykiss): Diet-dependent shifts of bacterial community structures
Notice bibliographique
Résumé
Plant-derived protein sources are the most relevant substitutes for fishmeal in aquafeeds. Nevertheless, the effects of plant based diets on the intestinal microbiome especially of juvenile Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) are yet to be fully investigated. The present study demonstrates, based on 16S rDNA bacterial community profiling, that the intestinal microbiome of juvenile Rainbow trout is strongly affected by dietary plant protein inclusion levels. After first feeding of juveniles with either 0%, 50% or 97% of total dietary protein content derived from plants, statistically significant differences of the bacterial gut community for the three diet-types were detected, both at phylum and order level. The microbiome of juvenile fish consisted mainly of the phyla Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Fusobacteria and Actinobacteria, and thus fits the salmonid core microbiome suggested in previous studies. Dietary plant proteins significantly enhanced the relative abundance of the orders Lactobacillales, Bacillales and Pseudomonadales. Animal proteins in contrast significantly promoted Bacteroidales, Clostridiales, Vibrionales, Fusobacteriales and Alteromonadales. The overall alpha diversity significantly decreased with increasing plant protein inclusion levels and with age of experimental animals. In order to investigate permanent effects of the first feeding diet-type on the early development of the microbiome, a diet change was included in the study after 54 days, but no such effects could be detected. Instead, the microbiome of juvenile trout fry was highly dependent on the actual diet fed at the time of sampling.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».