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Enregistrement W2614699794 · doi:10.3389/fmolb.2017.00030

Tetrabutylphosphonium Bromide Reduces Size and Polydispersity Index of Tat2:siRNA Nano-Complexes for Triticale RNAi

2017· article· en· W2614699794 sur OpenAlexaff
Jordan T. Pepper, Priti Maheshwari, Alicja Ziemienowicz, Paul Hazendonk, Igor Kovalchuk, François Eudes

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Molecular Biosciences · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Interference and Gene Delivery
Établissements canadiensUniversity of LethbridgeAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésNucleic acidChemistryDispersityBiophysicsRNAEthidium bromideSmall interfering RNARNA interferenceBiochemistryDNABiologyOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cell-penetrating peptides (CPPs) are short 8-30 amino-acid oligopeptides that act as effective transducers of macromolecular cargo, particularly nucleic acids. They have been implemented in delivering dsDNA, ssDNA and dsRNA into animal and plant cells. CPPs and nucleic acids form nano-complexes that are often 100-300 nm in size but still effectively transit the cell membrane of animal cells, but are less effective with plant cells due to the plant cell wall. To overcome this obstacle, nano-complexes of the CPP Tat2 and various lengths of nucleic acid (21-mer siRNA duplex (dsRNA) to ~5.5 kb circular plasmid) were evaluated for size using dynamic light scattering (DLS), under conditions of increasing ionic strength (Ic) and addition of phase transfer catalyst salts (tetrabutylammonium bromide-TBAB and tetrabutylphosphonium bromide-TBPB) and sugars (maltose-mannitol solution). It was found that the combination of 21-mer siRNA:Tat2 complexes with TBPB produced small 10-20 nm diameter nano-complexes with a polydispersity index (PDI) of ~0.1. Furthermore, it was found that for each length of nucleic acid that a linear mathematical relationship existed between the theoretical volume of the nano-complex and the nucleic acid length. Next, nano-complex formulation was tested for its ability to carry small interfering RNA molecules into plant cells and to trigger silencing of phytoene desaturase (PDS) in Triticale leaves. RT-qPCR showed 75% suppression of PDS, demonstrating that TBPB acts as an adjuvant in effecting the entry and efficacy of siRNA in young Triticale plants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,015
Score d'incertitude au seuil0,606

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,255
Écart entre enseignants0,247 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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