An Early Naïve T Cell Population Lacking PD1 Expression at Day 100 As A Prognostic Biomarker of Chronic GVHD
Notice bibliographique
Résumé
Chronic graft-versus-host disease (cGVHD) remains one of the leading causes of morbidity and non-relapse mortality in patients surviving allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) beyond 100 days. T cells have a well-recognized role in cGVHD, although distinct subpopulations of T cells likely play different roles in mediating and modulating cGVHD. There is a need to define more precise biomarkers of cGVHD that are predictive of clinical outcome. Methods: Fifty-two peripheral blood mononuclear cell (PBMC) samples were collected from adults at Day +100 following HSCT. NIH clinical diagnostic consensus criteria were used to define patients with cGVHD (n = 23) and no cGVHD (n = 36) for two-group analyses, and then further divided into the following categories for four-group analyses: Tolerant (no GVHD; n = 11), Isolated (acute GVHD only, n = 20), De Novo (cGVHD only; n = 6), or Progressive (both acute and cGVHD; n = 15). PBMCs were sorted by flow cytometry using T cell markers CD45RA, CD3, CD4, CD5, CD25, CD31, CCR7, and PD1, using a gating strategy by flowDensity. The two-group analyses also included an unstructured gating technique using flowType pipeline to phenotype all T cell populations without an a priori gating sequence. Those with a minimum mean two-fold change using RchyOptimyx were reported. Results: In a population of naïve CD4 + CD8-CD45RA+ cells T cells, (excluding CD25 + CD127- Treg cells), PD1- was predictive of cGVHD in both a two-group comparison of cGVHD+ versus cGVHD- (29% vs. 10%; p = 0.02, Table 1), and a four-group comparison of GVHD subgroups (p = 0.004), with an AUC of ROC curve of 0.76. Other markers which were significant in the cGVHD population included CD31+ (p = 0.01), and CCR7+ (p = 0.004), both with AUCs of 0.71. However, the addition of CD31+, CCR7+, or both, did not increase the AUC in unstructured analysis beyond the effect of the PD1- population alone. Conclusion: At Day +100 following HSCT, patients with cGVHD had significantly larger populations of naïve CD4 T cell with CD31+, CCR7+, and PD1-, compared to patients without cGVHD. This was seen with both the structure and unstructured gating strategies. PD1- appeared to be the strongest factor, without significant additive effect of CD31+ and CCR7+ reflected in the AUC. Taken together, this early naïve T cell phenotype CD4 + CD8-CD45RA + PD1- may be an important prognostic biomarker to predict the later development of cGVHD.Figure
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».