The putative type I secretion sequence of a 1.5-MDa icebinding adhesin folds as a Ca2+-dependent β-rich structure
Notice bibliographique
Résumé
Marinomonas primoryensis is a Gram-negative and strictly aerobic bacterium, an isolate of which was found in a brackish (half-strength seawater) lake in Antarctica. M. primoryensis produces a Ca2+-dependent 1.5-MDa ice-binding adhesin (MpAFP) that likely binds the bacterium to the underside of surface ice, where it may have better access to oxygen and other nutrients. The MpAFP is divided into five distinct regions that include the highly repetitive Region II (RII) and the moderately repetitive ice-binding Region IV (RIV). Region V (RV) is the C-terminal domain of MpAFP, and may serve as its non-cleavable signal sequence for the Type I Secretion System (TISS). The Protein Homology/analogY Recognition Engine (Phyre2) Server modeled RV as a Ca2+-bound β-rich structure. A previous study used a RV construct that started directly following the C-terminus of RIV, but the expressed protein aggregated and was unsuitable for further characterization. Here, we report the expression and purification of a fusion construct spanning RIV and RV. We defined the start of the RV domain by digesting the purified RIV-V fusion protein with trypsin in the presence of Ca2+. A soluble RV was then purified from the digestion mixture using anion-exchange chromatography, and its N-terminal residues were determined using Edman degradation sequencing. The folding of the newly designed RV construct was assessed by size-exclusion chromatography and circular dichroism (CD) spectroscopy. This work will provide insight into the structural relationship between RIV and RV, as well as how extremely large proteins are secreted via the TISS in Gram-negative bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».