MétaCan
Menu
← Retour à la cohorte
Enregistrement W2619680547 · doi:10.1101/142265

Native KCC2 interactome reveals PACSIN1 as a critical regulator of synaptic inhibition

2017· preprint· en· W2619680547 sur OpenAlexafffund
Vivek Mahadevan, C. Sahara Khademullah, Zahra Dargaei, Jonah Chevrier, Pavel Uvarov, Julian Kwan, Richard D. Bagshaw, Tony Pawson, Andrew Emili, Yves De Koninck, Victor Anggono, Matti S. Airaksinen, Melanie A. Woodin

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2017
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueReceptor Mechanisms and Signaling
Établissements canadiensUniversité LavalInstitut Universitaire en Santé Mentale de QuébecLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesHospital for Sick ChildrenCanadian Institutes of Health ResearchJohn T. Reid Charitable TrustsUniversitetet i BergenScheme for Promotion of Academic and Research CollaborationUniversity of TorontoAcademy of Finland
Mots-clésInteractomeRegulatorAMPA receptorEndocytic cycleCell biologyExcitatory postsynaptic potentialNeuroscienceBiologyGene knockdownHEK 293 cellsSmall hairpin RNAChemistryGlutamate receptorReceptorInhibitory postsynaptic potentialGeneBiochemistryEndocytosis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract KCC2 is a neuron-specific K + -Cl − cotransporter essential for establishing the Cl − gradient required for hyperpolarizing inhibition. KCC2 is highly localized to excitatory synapses where it regulates spine morphogenesis and AMPA receptor confinement. Aberrant KCC2 function contributes to numerous human neurological disorders including epilepsy and neuropathic pain. Using unbiased functional proteomics, we identified the KCC2-interactome in the mouse brain to determine KCC2-protein interactions that regulate KCC2 function. Our analysis revealed that KCC2 interacts with a diverse set of proteins, and its most predominant interactors play important roles in postsynaptic receptor recycling. The most abundant KCC2 interactor is a neuronal endocytic regulatory protein termed PACSIN1 (SYNDAPIN1). We verified the PACSIN1-KCC2 interaction biochemically and demonstrated that shRNA knockdown of PACSIN1 in hippocampal neurons significantly increases KCC2 expression and hyperpolarizes the reversal potential for Cl − . Overall, our global native-KCC2 interactome and subsequent characterization revealed PACSIN1 as a novel and potent negative regulator of KCC2.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,261
Écart entre enseignants0,247 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2017
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)→Même sujetReceptor Mechanisms and Signaling→Travaux en français237 207→