Clinical and Genome-Wide Analysis of Cisplatin-Induced Peripheral Neuropathy in Survivors of Adult-Onset Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Purpose: Our purpose was to characterize the clinical influences, genetic risk factors, and gene mechanisms contributing to persistent cisplatin-induced peripheral neuropathy (CisIPN) in testicular cancer survivors (TCSs). Experimental Design: TCS given cisplatin-based therapy completed the validated EORTC QLQ-CIPN20 questionnaire. An ordinal CisIPN phenotype was derived, and associations with age, smoking, excess drinking, hypertension, body mass index, diabetes, hypercholesterolemia, cumulative cisplatin dose, and self-reported health were examined for 680 TCS. Genotyping was performed on the Illumina HumanOmniExpressExome chip. Following quality control and imputation, 5.1 million SNPs in 680 genetically European TCS formed the input set. GWAS and PrediXcan were used to identify genetic variation and genetically determined gene expression traits, respectively, contributing to CisIPN. We evaluated two independent datasets for replication: Vanderbilt's electronic health database (BioVU) and the CALGB 90401 trial. Results: Eight sensory items formed a subscale with good internal consistency (Cronbach α = 0.88). Variables significantly associated with CisIPN included age at diagnosis (OR per year, 1.06; P = 2 × 10−9), smoking (OR, 1.54; P = 0.004), excess drinking (OR, 1.83; P = 0.007), and hypertension (OR, 1.61; P = 0.03). CisIPN was correlated with lower self-reported health (OR, 0.56; P = 2.6 × 10−9) and weight gain adjusted for years since treatment (OR per Δkg/m2, 1.05; P = 0.004). PrediXcan identified lower expressions of MIDN and RPRD1B, and higher THEM5 expression as associated with CisIPN (P value for each < 5 × 10−6) with replication of RPRD1B meeting significance criteria (Fisher combined P = 0.0089). Conclusions: CisIPN is associated with age, modifiable risk factors, and genetically determined expression level of RPRD1B. Further study of implicated genes could elucidate the pathophysiologic underpinnings of CisIPN. Clin Cancer Res; 23(19); 5757–68. ©2017 AACR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».