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Enregistrement W2734344008 · doi:10.1101/143933

The Multiple Sclerosis Genomic Map: Role of peripheral immune cells and resident microglia in susceptibility

2017· preprint· en· W2734344008 sur OpenAlexaff
NA Patsopoulos, Sergio E. Baranzini, Adam Santaniello, Parisa Shoostari, Chris Cotsapas, G Wong, AH Beecham, Tojo James, Jeri Replogle, Ioannis S. Vlachos, Cristin McCabe, Tune H. Pers, Aaron Brandes, Charles C. White, Brendan T Keenan, Maria Cimpean, Philip Winn, IP Panteliadis, A K Robbins, Onigiusz Zarzycki, Bénédicte Dubois, An Goris, Helle Bach Søndergaard, Finn Sellebjerg, Per Soelberg Sorensen, Henrik Ullum, Lise Wegner Thoerner, Janna Saarela, I. Rebeix, Vincent Damotte, Bertrand Fontaine, Léna Guillot Noel, Mark Lathrop, Sandra Vukusik, Achim Berthele, Viola Biberacher, Dorothea Buck, Christiane Gasperi, Christiane Graetz, Verena Grummel, Bernhard Hemmer, Muna Hoshi, Benjamin Knier, Thomas Korn, CM Lill, Felix Luessi, Mark Mühlau, Frauke Zipp, Efthimios Dardiotis, Cristina Agliardi, Antonio Amoroso, Nadia Barizzone, Maria Donata Benedetti, Luisa Bernardinelli, Paola Cavalla, Ferdinando Clarelli, Giacomo P. Comi, Daniele Cusi, Federica Esposito, Laura Ferrè, Daniela Galimberti, Clara Guaschino, MA Leone, V. Martinelli, Lucia Moiola, Marco Salvetti, Melissa Sorosina, Domizia Vecchio, Andrea Zauli, Silvia Santoro, Miriam Zuccalà, Julia Mescheriakova, Cornelia M. van Duijn, S.D. Bos, EG Celius, Anne Spurkland, Manuel Comabella, Xavier Montalbán, Lars Alfredsson, Izaura Lima Bomfim, David Gómez-Cabrero, Jan Hillert, Maja Jagodic, Magdalena Lindén, Fredrik Piehl, Ilijas Jelčić, Roland Martinꝉ, Mireia Sospedra, Amie Baker, Maria Ban, Clive Hawkins, Pirro G. Hysi, Seema Kalra, Fredrik Karpe, Jyoti Khadake, Geneviève Lachance, Paul Molyneux, Matt J. Neville, John Thorpe, Elizabeth M. Bradshaw, SJ Caillier, Peter A. Calabresi, BAC Cree, Anne H. Cross, Michael Davis, PWI de Bakker, Silvia Delgado, M Dembélé, David Edwards, Kathryn C. Fitzgerald, I. Fröhlich, Pierre‐Antoine Gourraud, Haines Jl, Håkon Håkonarson, Dorlan Kimbrough, Noriko Isobe, Ioanna Konidari, Ellen Lathi, MH Lee, T Li, An Ding, Andrew Zimmer, Acy Lo, Lohith Madireddy, CP Manrique, Mitja Mitrovič, Marta Olah, Ellis Patrick, MA Pericak-Vance, Laura Piccio, Catherine Schaefer, Howard L. Weiner, Kasper Lage, Alastair Compston, David A. Hafler, HF Harbo, SL Hauser, Graeme J. Stewart, Sandra D’Alfonso, Georgios M. Hadjigeorgiou, Bruce Taylor, L F Barcellos, David R. Booth, Rogier Hintzen, Ingrid Kockum, Filippo Martinelli Boneschi, Jacob L. McCauley, J. Oksenberg, Annette Oturai, Stephen Sawcer, AJ Ivinson, Tomas Olsson, PL De Jager, Murray L. Barclay, Laurent Peyrin‐Biroulet, Mathias Chamaillard, Jean-Frederick Colombe, Mario Cottone, Anthony Croft, R. D’Incà, Jonas Halfvarson, Katherine Hanigan, Paul Henderson, Jean‐Pierre Hugot, Amir Karban, Nicholas A. Kennedy, Mohammed Azam Khan, Marc Lémann, Arie Levine, Dunecan Massey, Mónica Milla, Grant W. Montgomery, Sok Meng Evelyn Ng, Ioannis Oikonomou, Harald Peeters, Deborah D. Proctor, Jean‐François Rahier, Rebecca Roberts, Paul Rutgeerts, Frank Seibold, Laura Stronati, Kirstin M. Taylor, Leif Törkvist, Kullak Ublick, Johan Van Limbergen, A. Van Gossum, Morten H. Vatn, Hu Zhang, Wei Zhang

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2017
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueT-cell and B-cell Immunology
Établissements canadiensMcGill University and Génome Québec Innovation Centre
Organismes subventionnairesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institutes of HealthH. Lundbeck A/SNational Multiple Sclerosis SocietyVlaamse regeringNorges ForskningsrådVetenskapsrådetKnut och Alice Wallenbergs StiftelseKU LeuvenFonds Wetenschappelijk OnderzoekAFA FörsäkringLundbeckfondenInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleMedical Research CouncilStrategiske ForskningsrådEuropean CommissionFondation pour l'Aide à la Recherche sur la Sclérose en PlaquesKing's College LondonBundesministerium für Bildung und ForschungNational Institute for Health and Care ResearchMultiple Sclerosis SocietyNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesAgence Nationale de la RechercheWellcome TrustBiogenHarvard NeuroDiscovery CenterForskningsrådet om Hälsa, Arbetsliv och VälfärdScleroseforeningen
Mots-clésMultiple sclerosisMicrogliaImmune systemMajor histocompatibility complexBiologyGeneImmunologyInnate immune systemGeneticsNeuroscienceInflammation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract: We assembled and analyzed genetic data of 47,351 multiple sclerosis (MS) subjects and 68,284 control subjects and establish a reference map of the genetic architecture of MS that includes 200 autosomal susceptibility variants outside the major histocompatibility complex (MHC), one chromosome X variant, and 32 independent associations within the extended MHC. We used an ensemble of methods to prioritize up to 551 potentially associated MS susceptibility genes, that implicate multiple innate and adaptive pathways distributed across the cellular components of the immune system. Using expression profiles from purified human microglia, we do find enrichment for MS genes in these brain - resident immune cells. Thus, while MS is most likely initially triggered by perturbation of peripheral immune responses the functional responses of microglia and other brain cells are also altered and may have a role in targeting an autoimmune process to the central nervous system. One Sentence Summary: We report a detailed genetic and genomic map of multiple sclerosis, and describe the role of putatively affected genes in the peripheral immune system and brain resident microglia.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,194
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,199
Écart entre enseignants0,186 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations116
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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