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Enregistrement W2737732224 · doi:10.1038/gim.2017.80

Data sharing as a national quality improvement program: reporting on BRCA1 and BRCA2 variant-interpretation comparisons through the Canadian Open Genetics Repository (COGR)

2017· article· en· W2737732224 sur OpenAlexafffundabout
Matthew S. Lebo, Kathleen-Rose Zakoor, Kathy Chun, Marsha Speevak, John S. Waye, M. Elizabeth McCready, Jillian S. Parboosingh, Ryan E. Lamont, Harriet Feilotter, Ian Bosdet, Tracy Tucker, Sean Young, Aly Karsan, George S. Charames, Ronald Agatep, Elizabeth Spriggs, Caitlin Chisholm, Nasim Vasli, Hussein Daoud, Olga Jarinova, Robert Tomaszewski, Stacey Hume, Sherryl A. Taylor, Mohammad R. Akbari, Jordan Lerner‐Ellis, Ron Agatep, Peter Ainsworth, Melyssa Aronson, Raveen Basran, André Blavier, Andrea Blumenthal, Kym M. Boycott, Michael Brudno, Kathleen Buckley, Jodi Campbell, Philippe M. Campeau, Melanie Care, Nancy Carson, Ronald Carter, David Chitayat, George Chong, E. Chouinard, Kenneth J. Craddock, Roderick Docking, Andrea Eisen, Hanna Faghfoury, Sandra A. Farrell, Bridget A. Fernandez, Marc Fiume, Cynthia Forster‐Gibson, Jan M. Friedman, William D. Foulkes, Peter Goodhand, Jessica Gu, Robert A. Hegele, Spring Holter, Sheri Horsburgh, Lauren Hughes, Franny Jewett, Anne Junker, Sam Khalouei, Joan H.M. Knoll, Elena Kolomeitz, Bartha Maria Knoppers, Georges Maire, Christian R. Marshall, Grant Mitchell, Michael Moorhouse, Chantal F. Morel, Tanya N. Nelson, Abdul Noor, Brian D. O’Connor, Darren D. O’Rielly, B. F. Francis Ouellette, Hilary Racher, Peter C. Ray, Heidi L. Rehm, Christie Riddell, Jean‐Baptiste Rivière, David S. Rosenblatt, Guy A. Rouleau, Andrea Ruchon, Peter Sabatini, Bekim Sadiković, Kara Semotiuk, Stephen W. Scherer, Cheryl Shuman, Josh Silver, Katherine A. Siminovitch, Lesley Solomon-Izsak, Jean‐François Soucy, James Stavropoulos, Lincoln Stein, Rhonda Tannenbaum, Deborah Terespolsky, Richard F. Wintle, Beatrix Wong, Nora Wong, Marina Wang, Nicholas A. Watkins, Shana White, Michael O. Woods, Philip Wyatt

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensOntario Institute for Cancer ResearchUniversity of AlbertaChildren's Hospital of Eastern OntarioShared HealthSinai Health SystemBC Cancer AgencyQueen's UniversityAlberta Children's HospitalLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalUniversity of CalgaryUniversity of TorontoHamilton Health SciencesWomen's College HospitalCredit Valley HospitalUniversity of ManitobaTrillium Health CentreHamilton Regional Laboratory Medicine ProgramNorth York General Hospital
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchGovernment of CanadaOntario GenomicsOntario Genomics InstituteGenome Canada
Mots-clésTier 2 networkTier 1 networkUploadMedicineQuality (philosophy)MEDLINEComputer scienceBiologyWorld Wide Web

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,260
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,507
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Science ouverte
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,987
Score d'incertitude au seuil0,912

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,2600,507
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0200,037
Études des sciences et des technologies0,0070,003
Communication savante0,0090,005
Science ouverte0,0130,012
Intégrité de la recherche0,0030,005
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0190,005

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,153
Tête enseignante GPT0,443
Écart entre enseignants0,291 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeObservationnel
DomaineReproductibilité
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations31
Publié2017
Routes d'admission3
Résumé présentnon

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