207 Genome-wide association study for beef fatty acid profile using haplotypes in Nellore cattle
Notice bibliographique
Résumé
The aim of this study was to identify genomic regions associated with the total amount of saturated (SFA), monounsaturated (MUFA), and polyunsaturated (PUFA) fatty acids in the beef of Nellore cattle. The investigated dataset contained records from 963 Nellore bulls, about two years old, finished in feedlot (90 days). Meat samples of Longissimus dorsi muscle, between the 12th and 13th ribs of the left half-carcasses, were taken to measure the fatty acids (FAs). FAs were quantified by gas chromatography (GC-2010 Plus - Shimadzu AOC 20i autoinjector) using SP-2560 capillary column (100 m × 0.25 mm diameter with 0.02 mm thickness; Supelco, Bellefonte, PA). The animals were genotyped using the high-density SNP panel (BovineHD BeadChip assay 777k, Illumina Inc., San Diego, CA). Those SNP markers with minor allele frequency less than 0.05, call rate less than 90%, monomorphic, located on sex chromosomes, and those with unknown position were removed from the analysis. After genomic quality control, 470,007 SNPs and 868 animals were available for the analyses. Missing genotypes were imputed using FImpute software. Genotypes were phased to haplotypes using fastPHASE software and then haplotype blocks were defined based on linkage disequilibrium using HaploView software. Genome-wide association analyses were performed considering one haplotype at a time. The model included fixed effects of contemporary group (92 levels), haplotype (linear regression on number of copies), and age at slaughter as a linear covariate. Bonferroni correction was applied at 5% significance to adjust for multiple tests. A total of 83,883 haplotypes were included in the genome-wide association analyses. From those haplotypes, 292, 17, and 31 were significantly associated (P < 0.05) with SFA, MUFA, and PUFA, respectively. Most associations were found on BTA17, BTA3, BTA1, BTA8, BTA25, and BTA2. These significant regions harbor genes such as GALNT12, SLC6A7, CAMK2A, SYTL3, EPAS1, PRKCB, EPHA6, MPZL1, UHMK1, KIRREL, FYN, LTBP1, PRKCE, SIK2, TOM1L1, NF1, DNAJA3, SH2B2, AFAP1L2, and AGAP1. These genes are involved in lipid metabolism, reproductive hormone receptors, transport and use of fatty acids and cholesterol, phospholipid and membrane hydrolysis and biosynthesis, energy metabolism, and protein kinase synthesis. Thus, the identification of these associated haplotypes may contribute to further studies to validate these regions and prospect candidate genes that would be useful for breeding programs to improve the beef quality of Nellore cattle.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».