O06.3 Analysis of the<i>treponema pallidum</i>proteome for evidence of host protein mimicry; identification of a mechanism for bacterial persistence and establishment of latency during syphilis infection?
Notice bibliographique
Résumé
Introduction The causative agent of syphilis, Treponema pallidum, is a highly invasive pathogen that can establish lifelong latency. Experimental evidence generated by our laboratory demonstrates a subset of T. pallidum proteins exhibits mimicry of host proteins, a strategy that may be used by T. pallidum to evade detection by the immune system and establishment of latency. Here we analysed all T. pallidum proteins of unknown function to assess the complete repertoire of potential host protein mimics expressed by this stealthy and highly successful pathogen. Methods Amino acid sequences of 327 functionally unannotated protein-coding genes from T. pallidum ssp. pallidum (Nichols strain) were submitted to the protein fold recognition server, Phyre2. For each T. pallidum protein, the 20 top-ranked template matches and structural models were obtained. To identify potential T. pallidum host protein mimics, we analysed the source organism and functions of all high-confidence template proteins used for modelling (confidence scores/90%; alignment coverage/10%). Results High-confidence structural predictions were generated for 51% of T. pallidum proteins with no assigned function (167/327). Analysis of these 167 functionally unannotated proteins identified a range of T. pallidum proteins predicted to adopt structural folds similar to domains from host proteins central to the processes of homeostasis and self-recognition, including Toll-like receptors, extracellular matrix components, and proteins involved in cell-signalling, complement and blood coagulation pathways. Conclusion Our analyses have identified a complement of potential host protein mimics within T. pallidum. This novel finding will provide significant insight into T. pallidum virulence mechanisms for mediating host attachment and subverting host recognition, thereby aiding establishment of persistent infection. Our results also illustrate the power of molecular modelling for enhancing our understanding of microbial pathogenesis and disease establishment for bacterial pathogens with unique proteomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».