Retrospective Evaluation of Accelerate Pheno™ System (AXDX, Version 1.1) for Identification/Antimicrobial Susceptibility Testing (ID/AST) of Gram-Negative Bacilli (GNB) including Carbapenemase-Producing Organisms (CPO) from Seeded Blood Culture Bottles (SBCB) Tested using AXDX PhenoTestTM BC Kits
Notice bibliographique
Résumé
AXDX reports ID/AST in <7h from positive blood cultures. Prospective pre-FDA clinical trials were conducted in areas where CPO bacteremia was rare. This study challenged AXDX to detect CPO from SBCB. 53 GNB including 31 CPO (10 KPC, 8 OXA48-type, 4 NDM, 3 GES5, 3 VIM, 1 VIM/GES5, 1 IMP7, 1 SME) were tested in AXDX post SBCB incubation in BacT/Alert® (bioMérieux). Seeding suspensions were parallel-tested by CLSI M100-S27 broth microdilution (BMD) for cefazolin (CFZ), ceftriaxone (CRO), ceftazidime (CAZ), piperacillin/tazobactam (TZP), ertapenem (ETP), meropenem (MEM), ciprofloxacin (CIP), gentamicin (GM), tobramycin (TOB), and amikacin (AN). With GNB-genera combined, AXDX-AST were assessed vs BMD using Cumitech 31A for ≥90% agreements [essential (EA); categorical (CA)] and errors [very major (VME) <3%; combined major/minor (ME/mE) <7%]. AXDX produced evaluable results (ID-correct/AST-reported) for 83% GNB (19 Klebsiella species; 13 Escherichia coli; 5 Pseudomonas aeruginosa; 4 Enterobacter cloacae, 2 Proteus mirabilis; 1 Serratia marcescens) tabulated below. Limits were exceeded for underlined values, but 95% confidence intervals (CI) overlapped acceptable limits except in values marked with astericks [95% CI: EA (CRO:58.8–85.6; ETP:31.6–61.4; MEM:62.8–87.3; GEN:48.8–76.3); VME (MEM:11.7–45.2); ME/mE (CAZ:7.8–30.3)]. Of 31 CPO, by BMD/AXDX respectively, 2 (6.5%; P. mirabilis NDM, E. coli KPC)/4 (12.9%; same 2 plus E. cloacae KPC, S. marcescens SME) were ETP+MEM=S, 23 (74.2%)/17 (54.8%) were ETP+MEM=I/R and 6 (19.4%; 5 OXA48; 1 KPC)/12 (38.7%; same plus 14 KPC, 1 NDM, 1 SME) were ETP = I/R but MEM=S. If ETP-I/R alone predicted CPO, BMD/AXDX detected 93.5% (95% CI: 78.3–99.2)/87.1% (95% CI: 70.5–95.5) CPO, respectively (P = 0.6713, NS). But as 3/5 (60%) ETP=R non-CPO were also MEM=S by BMD+AXDX, this rule would incur MEM ME. Expert rules based on ETP enabled detection of 87.1% (70.5–95.5%) CPO by AXDX in <7h. But while this rule mitigates MEM VME, it risks introducing MEM ME. Further optimization of AXDX algorithms to distinguish challenging CPO growth patterns associated with low carbapenem MIC from non-CPO is underway. More CPO/non-CPO should be tested to tighten 95% CI obtained in this promising study. B. M. Willey, Mount Sinai Hospital: Investigator, Educational support S. M. Poutanen, Accelerate Diagnostics: Research Contractor and Scientific Advisor, Consulting fee and Research support
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».