A three‐genome five‐gene comprehensive phylogeny of the bulbous genus <i>Narcissus</i> (Amaryllidaceae) challenges current classifications and reveals multiple hybridization events
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Besides being one of the most popular ornamental bulbs in western horticulture, the Mediterranean genus Narcissus has been the subject of numerous studies focusing on a wide scope of topics, including cytogenetics, hybridization and the evolution of polymorphic sexual systems. Phylogenetic hypotheses based on chloroplast data have provided a backbone for the genus but a detailed phylogenetic framework is still lacking. To fill this gap, we present a phylogenetic study of the genus using five markers from three genomes: ndhF and matK (chloroplast DNA), cob and atpA (mitochondrial DNA), and ITS (nuclear ribosomal DNA). In addition, we use chromosome counts from 89 populations representing 69 taxa. All analyses confirm that Narcissus is monophyletic with two main lineages largely corresponding to subg. Hermione and subg. Narcissus , but with incongruences between organellar and nuclear ribosomal phylogenies. At the infrageneric levels, our phylogenetic results challenge well‐established taxonomic groups, such as sect. Jonquillae , sect. Bulbocodii and sect. Pseudonarcissi , each of which contains at least two distinct lineages that do not constitute monophyletic groups, and highlight the influence of allopolyploid species in the monophyly of sections within subg. Hermione. The type of the genus and its section is also nested within sect. Pseudonarcissi supporting new nomenclatural changes. Our results also confirm the intersubgeneric hybrid nature of several hybrids including allopolyploids (e.g., N. dubius, N. tortifolius, N. miniatus). Morphological and cytogenetic evidence independently support the hypothesis that some of the incongruence can be attributed to hybridization, such as the splits of sect. Bulbocodii and sect. Pseudonarcissi or the disparate phylogenetic placements of sect. Aurelia and sect. Ganymedes. Together, this indicates a significant role for reticulate evolution in shaping the diversity of this genus. A Bayesian divergence time analysis suggests that the major diversification events took place during the Neogene and provides younger estimates for the main nodes than previous studies, which fit paleoclimatic and paleotectonic reconstructions of the western Mediterranean during this period.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».