An investigation into the genetic basis of variation in hypoxia tolerance in Atlantic salmon
Notice bibliographique
Résumé
Episodes of hypoxia are becoming more common along the British Columbia (BC) coast especially in the late summer. When dissolved oxygen drops below optimum levels, fish survival, growth and reproduction are affected; moreover, hypoxia can be lethal to fish, resulting in economic losses to salmon farmers. As a first step towards addressing this challenge for BC salmon farmers, the objectives of this study were to characterize variation in hypoxia tolerance in Atlantic salmon (Salmo salar) under culture conditions and identify the genetic basis of this variation in the strains of salmon used by the aquaculture producer Marine Harvest Canada. Using time-to-loss-of-equilibrium (LOE) following exposure to acute hypoxia (2.1 mg/L) as an index of hypoxia tolerance, I show that there are significant differences in hypoxia tolerance within and between the strains of Atlantic salmon examined. For adults in seawater, time-to-LOE at 2.1 mg/L DO ranged from 4.6 min to 126.9 min, and the McConnell strain had better hypoxia tolerance than the Mowi strain. A similar pattern was observed for smolts in freshwater, with time-to-LOE ranging from 4.5 min before 2.1 mg/L DO was reached to 355.4 min at 2.1 mg/L DO. Genotyping-by-sequencing (GBS) was used to identify single-nucleotide polymorphism (SNP) markers in these strains for use in a genome-wide association study (GWAS). GWAS in adult fish in seawater revealed two SNPs associated with hypoxia tolerance using genome-wide FDR correction, and six SNPs associated with hypoxia tolerance using chromosome-wide FDR correction. In contrast, GWAS in smolts in freshwater identified one SNP using genome-wide FDR correction and one SNP using chromosome-wide FDR correction. There was no overlap in the SNPs identified as associated with hypoxia tolerance at these two life stages. In addition, I identified four significant SNPs associated with body mass in adults with chromosome-wide FDR correction and two SNPs associated with body mass with genome-wide FDR correction and fifty-eight SNPs associated with body mass with chromosome-wide FDR correction. These findings provide promise for follow-up work on SNP markers that could potentially be used for marker-assisted selection to improve hypoxia tolerance and growth in Atlantic salmon.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».