Decrease in PCV13 Serotypes in Adults Hospitalized with Pneumococcal Pneumonia Over Time: Evidence of Herd Immunity Effects from Childhood Vaccination
Notice bibliographique
Résumé
Pneumococcal community acquired pneumonia (CAP-Spn) and invasive pneumococcal disease (IPD) cause significant morbidity and mortality worldwide. Although childhood immunization programs have reduced the overall burden of pneumococcal disease in both children and adults (through herd immunity), there is insufficient data in Canada to inform immunization policy in immunocompetent adults. Given the routine use of 13-valent pneumococcal vaccine (PCV13) in childhood immunization programs in Canada since 2010, this study aimed to assess the impact of herd immunity on adults by determining the proportion of pneumococcal disease in hospitalized Canadian adults caused by PCV13 serotypes from 2011 to 2015. Active surveillance for CAP-Spn and IPD in hospitalized adults was performed in hospitals across five Canadian provinces from December 2010 to 2015. For serotyping, S. pneumoniae isolates recovered from sputum or blood culture were characterized by Quellung reaction, or CAP-Spn were serotyped using a PCV13-specific urine antigen detection (UAD-PCV13) assay. From 2011 to 2015, 8.7% (326/3758) of adults hospitalized with CAP overall had a positive UAD-PCV13. When assessed individually by year, the proportion of PCV13 serotypes declined over this study period: 13.6% (44/323) in 2011, 11.9% (75/633) in 2012, 8.3% (99/1192) in 2013, 5.3% (50/944) in 2014, and 8.7% (58/666) in 2015. While the proportion of some PCV13 serotypes remained unchanged (i.e., serotype 3), others showed significant decreases over time (i.e., serotype 7F). Comparison of UAD-PCV13 data to S. pneumoniae isolates characterized by Quellung reactions is underway. In the five years following infant PCV13 immunization program implementation in Canada, S. pneumoniae serotypes contained in PCV13 remain an important cause of adults hospitalized with CAP. However, the proportion of PCV13 serotypes is decreasing over time. In order to inform recommendations on the use of PCV13 in adults, it will be important to maintain active surveillance for pneumococcal CAP and IPD to characterize the proportion of adult disease caused by PCV13 serotypes as the impact of herd protection conferred by childhood immunization programs is fully realized. M. Elsherif, Canadian Institutes of Health Research: Investigator, Research grant; Public Health Agency of Canada: Investigator, Research grant; GSK: Investigator, Research grant; T. Hatchette, GSK: Grant Investigator, Grant recipient; Pfizer: Grant Investigator, Grant recipient; Abbvie: Speaker for a talk on biologics and risk of TB reactivation, Speaker honorarium; M. K. Andrew, GSK: Grant Investigator, Research grant; Pfizer: Grant Investigator, Research grant; Sanofi-Pasteur: Grant Investigator, Research grant; A. Mcgeer, Hoffman La Roche: Investigator, Research grant; GSK: Investigator, Research grant; sanofi pasteur: Investigator, Research grant; M. Semret, GSK: Investigator, Research grant; Pfizer: Investigator, Research grant; S. Trottier, Canadian Institutes of Health Research: Investigator, Research grant; L. Valiquette, GSK: Investigator, Research grant; S. McNeil, GSK: Contract Clinical Trials and Grant Investigator, Research grant; Merck: Contract Clinical Trials and Speaker’s Bureau, Speaker honorarium; Novartis: Contract Clinical Trials, No personal renumeration; sanofi pasteur: Contract Clinical Trials, No personal renumeration
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».