Carbapenemase Gene Transfer among Canadian Patients Colonized or Infected with Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae
Notice bibliographique
Résumé
Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) has been declared an emerging global health threat. Plasmid transfer between species is of particular concern, allowing carbapenem resistance to spread rapidly to invasive or hypervirulent organisms which could potentially lead to severe infections. The rate of carbapenemase gene transfer between species has not been quantified to date. CPE isolates from 754 patients whom had either clinical or surveillance specimens submitted to our reference laboratory between January 2011 and December 2016 were reviewed. Patients with multiple Enterobacteriaceae species possessing the same carbapenemase gene were analyzed. Additionally, we reviewed data from a study in which rectal and groin swabs were collected from 88 patients at 3-month intervals to determine the average duration of CPE colonization prior to gene transfer. Thirty-nine out of 754 patients (5.2%) showed evidence of carbapenemase gene transfer between species. The majority (34/39 patients, 87.2%) had specimens submitted at a single point in time. Most commonly, multiple species with the same carbapenemase gene were found in rectal swabs (25/286 CPE-positive rectal swabs, 8.7%) followed by urine cultures (3/327 CPE-positive urine cultures, 0.9%). In the follow-up study, 8/88 patients with at least one follow-up specimen (9.1%) showed evidence of gene transfer over time. Out of a total of 10 instances of gene transfer, 3, 2, 3, 1, and 1 were detected at the 1-, 3-, 6-, 9-, and 15-month follow-up periods, respectively. Distribution of species and gene types was similar among the index isolates and second isolates (Table 1). Distribution of CPE isolates in the follow-up study A significant minority of CPE-colonized patients will be colonized with multiple species of Enterobacteriaceae. Gene transfer to new species continues to occur over time in persistently colonized patients. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».