Soil and Phyllosphere Microorganisms of the Rapeseed (Brassica napus L.) Holobiont Involved in Chloromethane Emissions
Notice bibliographique
Résumé
Brassica napus, or rapeseed, is one major oilseed crop in Europe and Germany and is used for food, feed, and Biodiesel production. Chloromethane (CH3Cl) is the most abundant halogenated organic compound in the atmosphere and triggers the chlorine-mediated destruction of the ozone layer. Anthropogenic sources became negligible because of taken measures according to the Montreal Protocol (1987) and therefore natural sources such as plants became more relevant for the global chloromethane budget. The actual global budget is imbalanced through missing sinks, which may be activities of soil and phyllosphere microbiomes which together with the plant is considered as the holobiont. The amount of CH3Cl from crops has not been addressed and might even increase under stresses such as elevated soil salinization and temperature. We proved that B. napus (rapeseed) plants emit CH3Cl. Certain methylotrophs (microorganisms that utilize one-carbon compounds) degrade CH3Cl and can gain a selective advantage while colonizing plants. Moreover, methylotrophs thrive in the rhizosphere of grassland plants. The rapeseed associated microbiome likely harbours methylotrophs that degrade CH3Cl. Therefore, we addressed in this study the rapeseed holobiont to resolve its response to stressors such as salt and temperature in regard to CH3Cl emission. We addressed in our project the following objectives: (i) To measure CH3Cl emission rates from single B. napus holobionts under different NaCl and temperature stress levels in pot experiments, (ii) to assess the B. napus microbiome and its CH3Cl degradation ability through amplicon sequencing of bacterial 16S rRNA genes and functional gene markers. The summer cultivar MAKRO was used as a model organism. We identified methylotrophs that responded to salt and temperature stress conditions in the phyllo- and rhizosphere of rapeseed and correlated those to the observed net emission rates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».