Molecular Investigation of an Ontario Mumps Outbreak using Whole Genome Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background In early 2017 an outbreak of Mumps virus affected over 100 individuals in the province of Ontario, concurrent with multiple mumps virus outbreaks across North America. Traditional genotyping of mumps outbreaks relies on sequencing a portion of the small hydrophobic (SH) gene, but has limited capability to distinguish between strains of the same genotype. Most mumps cases in Ontario in recent years are of genotype G. We used a novel whole genome sequencing (WGS) protocol to perform a molecular epidemiological investigation of the outbreak. Methods Throat (n = 5) and buccal (n = 15) swabs positive by RT-PCR for SH or Fusion (F) gene targets were cultured in primary Rhesus monkey kidney cells. Cell free viral extract underwent RT-PCR and subsequent PCR amplification using overlapping primer pairs to cover the entire 15 kilobase (kb) genome. The first 8 samples were amplified with 18 pairs of overlapping primers, which was reduced to 9 sets (average fragment size 1.9 kb, range 1.6–2.8 kb) for the final 12 samples. Mumps cDNA libraries were prepared with Nextera XT kit and WGS of the indexed fragments was performed with V2 reagent kits on the Illumina MiSeq instrument. Reference based genome assembly was performed using samtools version 1.4. Phylogenetic analysis was performed by maximum likelihood method in MEGA7. Results We identified two distinct genotype G lineages comprised of 9 patients each and closely related to a 2009–2010 outbreak in Ontario and New York (Figure 1). Inter-lineage single nucleotide polymorphism (SNP) differences ranged from 25 to 31, whereas intra-lineage SNPs ranged from 0 to 8 SNPs. Two outlying sequences, of genotype C and G respectively, may represent sporadic introduction of virus from other areas. Time from virus isolation to SNP based analysis was approximately 4 days. Conclusion WGS of Mumps virus culture isolates using the PCR fragment method identified two distinct genotype G lineages in a large provincial outbreak. This method may aid public health authorities identify separate transmission chains in the case of large outbreaks. Disclosures All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».