Repeated expansions and fragmentations linked to Pleistocene climate changes shaped the genetic structure of a woody climber, <i>Actinidia arguta</i> (Actinidiaceae)
Notice bibliographique
Résumé
The genetic structure of temperate plants was extremely affected by climate changes during the Pleistocene. In East Asia, however, there are a limited number of phylogeography studies of widely distributed species. Actinidia arguta (Sieb. & Zucc.) Planch. ex Miq. (Actinidiaceae), a widely distributed woody climber, was chosen for this study. Twelve haplotypes were obtained using five chloroplast fragments. No haplotypes were shared on two sides of the Qinling–Dabie mountain ranges, indicating a phylogeographic break. The break was further revealed by analysis of molecular variance, spatial analysis of molecular variance, and ecological niche modelling. The most recent common ancestor of all haplotypes showed that global cooling and aridity of the Asian interior at the Pliocene–Pleistocene boundary may triggered this divergence. Two monophyletic lineages (north and south lineage) were revealed by Bayesian phylogeny and the maximum parsimony network. In the north lineage, mismatch analysis indicated an ancient spatial expansion. Distant distribution of closely related haplotypes indicated subsequent allopatric fragmentation. The widespread haplotype H2 implied another significant range expansion. In the south lineage, a considerable rise in sea level of the East China Sea may have triggered population fragmentation. The nested clade analysis also indicated that expansion and allopatric fragmentation were the main processes shaping the haplotype distributions. So, repeated range expansions and fragmentations have shaped the present genetic structure of A. arguta.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».