Microbiome Profile is Distinct in Patients with Successful Response to Microbiota-Based Drug RBX2660 Relative to Placebo Responders
Notice bibliographique
Résumé
Recurrent Clostridium difficile infections (rCDI) are associated with an altered microbiome composition and diversity compared with healthy patients. RBX2660, a standardized microbiota-based drug designed to rehabilitate patients’ microbiomes, was superior to placebo for preventing rCDI in a Phase 2B clinical trial (64% vs. 46% recurrence free at 56 days). Herein we assessed whether RBX2660 and placebo induced similar or different microbiome changes among patients classified as responders. Patients received blinded treatment of 2 doses of RBX2660 (Group A), 2 doses of placebo (Group B), or 1 dose of RBX2660 and 1 dose of placebo (Group C), with doses 7 days apart, and submitted stool samples at baseline, 7, 30, and 60 days after the second treatment. 16s rRNA analysis was performed on samples from 57 patients classified as responders (A, n = 21; B, n = 15; C, n = 21). Microbiome data for all patients at study entry were combined as a treatment-na•ve baseline. Groups A and C were pooled as “active” and compared with placebo treatments longitudinally. Microbiome divergence from baseline was determined with Kullback-Leibler (KL) analysis, mean group microbiomes and relative taxonomic abundance at the class level were determined using the Dirichlet-Multinomial distribution and compared with a generalized Wald-type test, and Shannon and Simpson diversity indices were compared with a two-sample Wilcoxon test. At 7, 30, and 60 days, microbiomes from RBX2660-treated patients had high KL divergence from baseline and significantly different means from baseline (P < 0.001). Placebo-treated patient microbiomes were less divergent from baseline, with group means significantly different from baseline at 7 and 60 days, but not 30 days. RBX2660 increased the relative abundances of Bacteroidia and decreased Gammaproteobacteria and Bacilli more than placebo. No significant differences in diversity indices were observed among treatment groups. RBX2660 treatment for rCDI is associated with greater changes in patient microbiomes than placebo treatment, underscoring the potential benefits of microbiome restoration therapy. Longer-term studies are needed to compare the durability of microbiome changes and recurrence-free rates. This analysis was funded by Rebiotix Inc., Roseville, MN. E. R. Dubberke, Rebiotix, Inc.: Scientific Advisor, Consulting fee; R. Orenstein, Rebiotix, Inc: Scientific Advisor, Consulting fee; C. Lee, Rebiotix, Inc.: Scientific Advisor, Consulting fee; S. Khanna, Rebiotix, Inc.: Scientific Advisor, Consulting fee; G. Hecht, Rebiotix, Inc.: Scientific Advisor, Consulting fee; D. N. Gerding, Rebiotix, Inc.: Scientific Advisor, Consulting fee; K. Blount, Rebiotix, Inc.: Employee, Salary; B. Shannon, Rebiotix, Inc.: Research Contractor, Consulting fee
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».