Cesarean Section, Formula Feeding, and Infant Antibiotic Exposure: Separate and Combined Impacts on Gut Microbial Changes in Later Infancy
Notice bibliographique
Résumé
Established during infancy, our complex gut microbial community is shaped by medical interventions and societal preferences, such as cesarean section, formula-feeding and antibiotic use. We undertook this study to apply the Significance Analysis of Microarrays (SAM) method to quantify changes in gut microbial composition during later infancy following the most common birth and postnatal exposures affecting infant gut microbial composition. Gut microbiota of 166 full-term infants in the Canadian Healthy Infant Longitudinal Development birth cohort were profiled using 16S high-throughput gene sequencing. Infants were placed into groups according to mutually-exclusive combinations of birth mode (vaginal/cesarean birth), breastfeeding status (yes/no) and antibiotic use (yes/no) by 3 months of age. Based on repeated permutations of data and adjustment for the false discovery rate, the SAM statistic identified statistically significant changes in gut microbial abundance between 3 months and 1 year of age within each infant group. We observed well-known patterns of microbial phyla succession in later infancy (declining Proteobacteria; increasing Firmicutes and Bacteroidetes) following vaginal birth, breastfeeding and no antibiotic exposure. Genus Lactobacillus, Roseburia and Faecalibacterium species appeared in the top 10 increases to microbial abundance in these infants. Deviations from this pattern were evident among infants with other perinatal co-exposures; notably, the largest number of microbial species with unchanged abundance was seen in gut microbiota following early cessation of breastfeeding in infants. With and without antibiotic exposure, the absence of a breast milk diet by 3 months of age following vaginal birth yielded a higher proportion of unchanged abundance of Bacteroidaceae and Enterobacteriaceae in later infancy, and a higher ratio of unchanged Enterobacteriaceae to Alicaligenaceae microbiota. Gut microbiota of infants born vaginally and exclusively formula-fed became less enriched with family Veillonellaceae and Clostridiaceae, showed unchanging levels of Ruminococcaceae and exhibited a greater decline in the Rikenellaceae/ Bacteroideceae ratio compared to their breastfed, vaginally-delivered counterparts. These changes were also evident in cesarean-delivered infants to a lesser extent. The clinical relevance of these trajectories of microbial change is that they culminate in taxon-specific abundances in the gut microbiota of later infancy, which we and others have observed to be associated with food sensitization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».