Is ecological source important in phylogenomics analysis: a pilot study involving 17 Drosophila species using multilocus approach
Notice bibliographique
Résumé
For over a century, the fruit fly Drosophila has accomplished itself as a resourceful experimental model organism in the field of biological research. It has a long history of being scrutinized by biologists for evolutionary studies either through cytogenetic, phylogenetic or comparative genomics analysis. Next Generation Sequencing (NGS) technologies are also bringing a revolutionary shift in phylogenetic exploration as now whole genome can be utilized for the analysis. The goal of the present study is to examine the robustness of the molecular markers which are frequently been employed in resolving the phylogeny of Drosophila genus. Ten protein coding nuclear loci were utilized to infer the phylogenetic relationships across 17 taxonomically known species including four Indian Drosophila and one Zaprionus species as outgroup in the present study, including Adh, Amy-p, Cypc, Gld, Gpdh, IARS, Marf, per and tim and Xdh. The DNA sequences of selected nuclear genes in four Indian Drosophila and Zaprionus species were retrieved from whole genome sequences (WGS) generated by us through Next Generation Sequencing Technology on Illumina platform. The selected genes were predicted using Augustus as gene prediction program. Neighbour joining, Maximum likelihood and Bayesian phylogenetic methods were employed in order to reconstruct and compare the evolutionary history. Our phylogenetic trees reconstructed using Adh, Amy, Gld, Gpdh, Xdh shows results which were in concordance with previous studies as Indian species were placed closer with their respective group/ subgroups members. However, phylogenies obtained using Marf, Cypc, IARS, per and tim genes showed that Indian species were forming a separate clade rather than occupying their own taxonomical position, thereby, confirming their close evolutionary relationship. This could be due to the ecological factors that are bringing remarkable variation in the sequence of these marker genes. So, the present study reveals that ecological origin of the study species should be contemplated while ascertaining its phylogenetic positions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».