Genome-wide association study and meta-analysis in multiple populations identifies new loci for peanut allergy and establishes C11orf30/EMSY as a genetic risk factor for food allergy
Notice bibliographique
Résumé
Background Peanut allergy (PA) is a complex disease with both environmental and genetic risk factors. Previously, PA loci were identified in filaggrin (FLG) and HLA in candidate gene studies, and loci in HLA were identified in a genome-wide association study and meta-analysis. Objective We sought to investigate genetic susceptibility to PA. Methods Eight hundred fifty cases and 926 hyper-control subjects and more than 7.8 million genotyped and imputed single nucleotide polymorphisms (SNPs) were analyzed in a genome-wide association study to identify susceptibility variants for PA in the Canadian population. A meta-analysis of 2 phenotypes (PA and food allergy) was conducted by using 7 studies from the Canadian, American (n = 2), Australian, German, and Dutch (n = 2) populations. Results An SNP near integrin α6 (ITGA6) reached genome-wide significance with PA ( P = 1.80 × 10 −8 ), whereas SNPs associated with Src kinase–associated phosphoprotein 1 (SKAP1) , matrix metallopeptidase 12 (MMP12)/MMP13 , catenin α3 (CTNNA3) , rho GTPase–activating protein 24 (ARHGAP24) , angiopoietin 4 (ANGPT4) , chromosome 11 open reading frame (C11orf30/EMSY) , and exocyst complex component 4 (EXOC4) reached a threshold suggestive of association ( P ≤ 1.49 × 10 −6 ). In the meta-analysis of PA, loci in or near ITGA6 , ANGPT4 , MMP12/MMP13 , C11orf30 , and EXOC4 were significant ( P ≤ 1.49 × 10 −6 ). When a phenotype of any food allergy was used for meta-analysis, the C11orf30 locus reached genome-wide significance ( P = 7.50 × 10 −11 ), whereas SNPs associated with ITGA6 , ANGPT4 , MMP12/MMP13 , and EXOC4 and additional C11orf30 SNPs were suggestive ( P ≤ 1.49 × 10 −6 ). Functional annotation indicated that SKAP1 regulates expression of CBX1 , which colocalizes with the EMSY protein coded by C11orf30. Conclusion This study identifies multiple novel loci as risk factors for PA and food allergy and establishes C11orf30 as a risk locus for both PA and food allergy. Multiple genes ( C11orf30 / EMSY , SKAP1 , and CTNNA3 ) identified by this study are involved in epigenetic regulation of gene expression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».