Isothermal diagnostic assays for the detection of soil-transmitted helminths based on the SmartAmp2 method
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Diagnosis of soil-transmitted helminths (STHs) has traditionally relied on stool microscopy, which has a number of critical deficiencies. Molecular diagnostics are powerful tools to identify closely related species, but the requirement for costly equipment makes their implementation difficult in low-resource or field settings. Rapid, sensitive and cost-effective diagnostic tools are crucial for accurate estimation of STH infection intensity in MDA programmes in which the goal is to reduce morbidity following repeated rounds of chemotherapy. RESULTS: In this study, colourimetric isothermal assays were developed using SmartAmp2 primer sets and reagents in loop-mediated amplification (LAMP) assays. Species-specific primer sets, designed on a specific target sequence in the β-tubulin gene, were used to identify Necator americanus, Trichuris trichiura and Ascaris lumbricoides. After initial optimization on control plasmids and genomic DNA from adult worms, assays were evaluated on field samples. Assays showed high sensitivity and demonstrated high tolerance to inhibitors in spiked faecal samples. Rapid and sensitive colourimetric assays were successfully developed to identify the STHs in field samples using hydroxy napthol blue (HNB) dye. CONCLUSIONS: Rapid and simple colourimetric diagnostic assays, using the SmartAmp2 method, were developed, with the potential to be applied in the field for detection of STH infections and the estimation of response to treatment. However, further validation on large numbers of field samples is needed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».