Structure–function analyses reveal key features in Staphylococcus aureus IsdB-associated unfolding of the heme-binding pocket of human hemoglobin
Notice bibliographique
Résumé
IsdB is a receptor on the surface of the bacterial pathogen Staphylococcus aureus that extracts heme from hemoglobin (Hb) to enable growth on Hb as a sole iron source. IsdB is critically important both for in vitro growth on Hb and in infection models and is also highly up-regulated in blood, serum, and tissue infection models, indicating a key role of this receptor in bacterial virulence. However, structural information for IsdB is limited. We present here a crystal structure of a complex between human Hb and IsdB. In this complex, the α subunits of Hb are refolded with the heme displaced to the interface with IsdB. We also observe that atypical residues of Hb, His 58 and His 89 of αHb, coordinate to the heme iron, which is poised for transfer into the heme-binding pocket of IsdB. Moreover, the porphyrin ring interacts with IsdB residues Tyr 440 and Tyr 444 . Previously, Tyr 440 was observed to coordinate heme iron in an IsdB·heme complex structure. A Y440F/Y444F IsdB variant we produced was defective in heme transfer yet formed a stable complex with Hb ( K d = 6 ± 2 μm) in solution with spectroscopic features of the bis-His species observed in the crystal structure. Haptoglobin binds to a distinct site on Hb to inhibit heme transfer to IsdB and growth of S. aureus , and a ternary complex of IsdB·Hb·Hp was observed. We propose a model for IsdB heme transfer from Hb that involves unfolding of Hb and heme iron ligand exchange.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».