MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2768049553 · doi:10.1101/215160

The Function of the COPII Gene Paralogs SEC23A and SEC23B Are Interchangeable <i>In Vivo</i>

2017· preprint· en· W2768049553 sur OpenAlexaff
Rami Khoriaty, Geoffrey G. Hesketh, Amélie Bernard, Angela C. Weyand, Dattatreya Mellacheruvu, Guojing Zhu, Mark J. Hoenerhoff, Beth McGee, Lesley Everett, Elizabeth Adams, Bin Zhang, Thomas L. Saunders, Alexey I. Nesvizhskii, Daniel J. Klionsky, Jordan A. Shavit, Anne‐Claude Gingras, David Ginsburg

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2017
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueErythrocyte Function and Pathophysiology
Établissements canadiensUniversity of TorontoSinai Health SystemLunenfeld-Tanenbaum Research Institute
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthUniversity of MichiganAmerican Society of Hematology
Mots-clésCOPIIBiologyGeneComplementationGeneticsPhenotypeCOPIVesicular Transport ProteinsZebrafishCell biologyHaploinsufficiencyEndoplasmic reticulumGolgi apparatusSecretory pathwayPeptide sequence

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SEC23 is a core component of the coat protein-complex II (COPII)-coated vesicle, which mediates transport of secretory proteins from the endoplasmic reticulum (ER) to the Golgi 1-3 . Mammals express 2 paralogs for SEC23 (SEC23A and SEC23B). Though the SEC23 gene duplication dates back &gt;500 million years, both SEC23’s are ~85% identical at the amino acid sequence level. In humans, deficiency for SEC23A or SEC23B results in cranio-lenticulo-sutural dysplasia 4 or congenital dyserythropoietic anemia type II (CDAII), respectively 5 . The disparate human syndromes and reports of secretory cargos with apparent paralog-specific dependence 6,7 , suggest unique functions for the two SEC23 paralogs. Here we show indistinguishable intracellular interactomes for human SEC23A and SEC23B, complementation of yeast SEC23 by both human and murine SEC23A/B paralogs, and the rescue of lethality resulting from Sec23b disruption in zebrafish by a Sec23a -expressing transgene. Finally, we demonstrate that the Sec23a coding sequence inserted into the endogenous murine Sec23b locus fully rescues the mortality and severe pancreatic phenotype previously reported with SEC23B-deficiency in the mouse 8-10 . Taken together, these data indicate that the disparate phenotypes of SEC23A and SEC23B deficiency likely result from evolutionary shifts in gene expression program rather than differences in protein function, a paradigm likely applicable to other sets of paralogous genes. These findings also suggest the potential for increased expression of SEC23A as a novel therapeutic approach to the treatment of CDAII, with potential relevance to other disorders due to mutations in paralogous genes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,729
Score d'incertitude au seuil0,934

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,231
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)Même sujetErythrocyte Function and PathophysiologyTravaux en français237 207