Global spread of mouse-adapted Staphylococcus aureus lineages CC1, CC15, and CC88 among mouse breeding facilities
Notice bibliographique
Résumé
We previously reported that laboratory mice from all global vendors are frequently colonized with Staphylococcus aureus (S. aureus). Genotyping of a snap sample of murine S. aureus isolates from Charles River, US, showed that mice were predominantly colonized with methicillin-sensitive CC88 strains. Here, we expanded our view and investigated whether laboratory mice from other global animal facilities are colonized with similar strains or novel S. aureus lineages, and whether the murine S. aureus isolates show features of host adaptation. In total, we genotyped 230 S. aureus isolates from various vendor facilities of laboratory mice around the globe (Charles River facilities in the USA, Canada, France, and Germany; another US facility) and university- or company-associated breeding facilities in Germany, China and New Zealand. Spa typing was performed to analyse the clonal relationship of the isolates. Moreover, multiplex PCRs were performed for human-specific virulence factors, the immune-evasion cluster (IEC) and superantigen genes (SAg). We found a total of 58 different spa types that clustered into 15 clonal complexes (CCs). Three of these S. aureus lineages had spread globally among laboratory mice and accounted for three quarters of the isolates: CC1 (13.5%), CC15 (14.3%), and CC88 (47.0%). Compared to human colonizing isolates of the same lineages, the murine isolates frequently lacked IEC genes and SAg genes on mobile genetic elements, implying long-term adaptation to the murine host. In conclusion, laboratory mice from various vendors are colonized with host-adapted S. aureus-strains of a few lineages, predominantly the CC88 lineage. S. aureus researchers must be cautioned that S. aureus colonization might be a relevant confounder in infection and vaccination studies and are therefore advised to screen their mice before experimentation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».