Genome-wide analysis of a recently active retrotransposon, Au SINE, in wheat: content, distribution within subgenomes and chromosomes, and gene associations
Notice bibliographique
Résumé
KEY MESSAGE: Here, we show that Au SINE elements have strong associations with protein-coding genes in wheat. Most importantly Au SINE insertion within introns causes allelic variation and might induce intron retention. The impact of transposable elements (TEs) on genome structure and function is intensively studied in eukaryotes, especially in plants where TEs can reach up to 90% of the genome in some cases, such as in wheat. Here, we have performed a genome-wide in-silico analysis using the updated publicly available genome draft of bread wheat (T. aestivum), in addition to the updated genome drafts of the diploid donor species, T. urartu and Ae. tauschii, to retrieve and analyze a non-LTR retrotransposon family, termed Au SINE, which was found to be widespread in plant species. Then, we have performed site-specific PCR and realtime RT-PCR analyses to assess the possible impact of Au SINE on gene structure and function. To this end, we retrieved 133, 180 and 1886 intact Au SINE insertions from T. urartu, Ae. tauschii and T. aestivum genome drafts, respectively. The 1886 Au SINE insertions were distributed in the seven homoeologous chromosomes of T. aestivum, while ~ 67% of the insertions were associated with genes. Detailed analysis of 40 genes harboring Au SINE revealed allelic variation of those genes in the Triticum-Aegilops genus. In addition, expression analysis revealed that both regular transcripts and alternative Au SINE-containing transcripts were simultaneously amplified in the same tissue, indicating retention of Au SINE-containing introns. Analysis of the wheat transcriptome revealed that hundreds of protein-coding genes harbor Au SINE in at least one of their mature splice variants. Au SINE might play a prominent role in speciation by creating transcriptome variation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».