Enzyme cycling contributes to efficient induction of genome mutagenesis by the cytidine deaminase APOBEC3B
Notice bibliographique
Résumé
The single-stranded DNA cytidine deaminases APOBEC3B, APOBEC3H haplotype I, and APOBEC3A can contribute to cancer through deamination of cytosine to form promutagenic uracil in genomic DNA. The enzymes must access single-stranded DNA during the dynamic processes of DNA replication or transcription, but the enzymatic mechanisms enabling this activity are not known. To study this, we developed a method to purify full length APOBEC3B and characterized it in comparison to APOBEC3A and APOBEC3H on substrates relevant to cancer mutagenesis. We found that the ability of an APOBEC3 to cycle between DNA substrates determined whether it was able to efficiently deaminate single-stranded DNA produced by replication and single-stranded DNA bound by replication protein A (RPA). APOBEC3 deaminase activity during transcription had a size limitation that inhibited APOBEC3B tetramers, but not APOBEC3A monomers or APOBEC3H dimers. Altogether, the data support a model in which the availability of single-stranded DNA is necessary, but alone not sufficient for APOBEC3-induced mutagenesis in cells because there is also a dependence on the inherent biochemical properties of the enzymes. The biochemical properties identified in this study can be used to measure the mutagenic potential of other APOBEC enzymes in the genome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».