Structural analysis of the peptidyl prolyl <i>cis</i>,<i>trans</i>-isomerase HP0175 from <i>Helicobacter pylori</i>
Notice bibliographique
Résumé
Infections caused by the gram-negative bacterium Helicobacter pylori are associated with several pathways that include epidermal growth factor receptor (EGFR) and production of vascular endothelial growth factor receptor (VEGF). Of the several proteins secreted by H. pylori, HP0175 a peptidyl prolyl cis-, trans-isomerase (PPIase) has been linked to bind to toll-like receptors (TLR) allowing for the transactivation of EGFR and VEGF. TLRs are major players in innate immunity through their ability to recognize pathogens such as bacteria, fungi or viruses. HP0175 also causes cell damage, apoptosis and inflammatory responses. The following protein was initially crystallized as a homodimer (PDB ID:5EZ1), complexed with its inhibitor indole-2-carboxylic acid (I2CA) at 2.4 resolution. Here, we examine apo-HP0175 as a monomer with structure resolution of 2.34 . Apo-HP0175 crystallizes in space group p3121, with unit cell dimensions a=b=91.5 , c=67.7 with one molecule in the asymmetric unit.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».