Shift of hindgut microbiota and microbial short chain fatty acids profiles in dairy calves from birth to pre-weaning
Notice bibliographique
Résumé
This study aimed to characterize mucosa- and digesta-associated microbiota in the hindgut (cecum, colon and rectum) of newborn (NB, n = 6), day 7 (n = 6), day 21 (n = 6) and day 42 (n = 6) Holstein bull calves using amplicon sequencing. The hindgut microbiota was diverse at birth, and mucosa-attached microbial community had higher individual variation than that of digesta-associated community. In total, 16 phyla were identified with Firmicutes, Bacteroidetes and Proteobacteria being the dominant microbial taxa in the hindgut. Quantitative real-time PCR analysis showed a significant age effect on the proportion of mucosa-attached Escherichia coli, Bifidobacterium, Clostridium cluster XIVa and Faecalibacterium prausnitzii. Especially, high abundance of mucosa-associated Escherichia was detected during the first week of life, suggesting higher chance of the pathogenic infection during this stage. The relative abundances of predicted microbial genes involved in amino acid metabolism, carbohydrate metabolism and energy metabolism were enriched, indicating the importance of hindgut microbiota in fermentation during the pre-weaned period. Moreover, the significant correlation between short-chain fatty acid concentration and mucosa-attached carbohydrate utilizing (Coprococcus 1, Blautia, Lachnospiraceae NC2004 group, etc.) and health-related bacteria (Escherichia-Shigella and Salmonella) suggests the importance of hindgut microbiota in the fermentation and health of dairy calves during pre-weaned period.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».