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Enregistrement W2780728213 · doi:10.1038/s41588-018-0262-1

Comparative genomics of the major parasitic worms

2018· article· en· W2780728213 sur OpenAlex
Avril Coghlan, James A. Cotton, Nancy Holroyd, Adam J. Reid, Diogo M. Ribeiro, Eleanor Stanley, Helen Beasley, Hayley M. Bennett, Stephen R. Doyle, Daria Gordon, Bhavana Harsha, Thomas Huckvale, Jane Lomax, Gabriel Rinaldi, Myriam Shafie, Alan Tracey, Matthew Berriman, Rahul Tyagi, Bruce A. Rosa, Kymberlie Hallsworth-Pepin, John Martin, Philip Ozersky, Xu Zhang, Makedonka Mitreva, Isheng Jason Tsai, Huei‐Mien Ke, Tzu‐Hao Kuo, Tracy J. Lee, Dominik R. Laetsch, Gaganjot Kaur, Georgios Koutsovoulos, Sujai Kumar, Mark Blaxter, Robin N. Beech, Tim A. Day, Nicolas J. Wheeler, Rick M. Maizels, Prudence Mutowo, Neil D. Rawlings, Kevin Howe, Andrew R. Leach, John Parkinson, Lakshmipuram S. Swapna, David W. Taylor, Mostafa Zamanian, Fiona Allan, Aidan M. Emery, Peter D. Olson, David Rollinson, Judith E. Allen, Kazuhito Asano, Simon A. Babayan, Eileen Devaney, Yvonne Harcus, Germanus S. Bah, Vincent N. Tanya, S.A. Bisset, Estela Castillo, Joseph A. Cook, Philip J. Cooper, Teresa Cruz‐Bustos, Antonio Osuna, Mercedes Gómez-Samblás, Carmen Cuéllar, Mark L. Eberhard, Keeseon S. Eom, John S. Gilleard, John M. Hawdon, Dolores E. Hill, Joseph F. Urban, Dante S. Zarlenga, Jane E. Hodgkinson, Benjamin L. Makepeace, Petr Horák, Martin Kalbe, Taisei Kikuchi, Jacqueline B. Matthews, Antonio Muro, Noel M. O’Boyle, F Partònò, Kenneth Pfarr, Pilar Foronda, Hiroshi Sato, Manuela Schnyder, Tomáš Scholz, Rafael Toledo, Lian-Chen Wang

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueParasite Biology and Host Interactions
Établissements canadiensUniversity of TorontoSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenCanada Research ChairsUniversity of CalgaryMcGill University
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesBiologické Centrum, Akademie Věd České RepublikyBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesMedical Research CouncilNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaDirectorate for Biological SciencesNational Institutes of HealthNational Human Genome Research InstituteWellcome TrustUniversitas IndonesiaRural and Environment Science and Analytical Services DivisionScottish GovernmentUniversity of TorontoEuropean Molecular Biology LaboratoryEuropean Bioinformatics InstituteCompute CanadaJames Hutton Institute
Mots-clésBiologyGenomicsGenomeComparative genomicsGene familyIn silicoPhylogeneticsGeneParasitismHost (biology)Evolutionary biologyGeneticsComputational biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Parasitic nematodes (roundworms) and platyhelminths (flatworms) cause debilitating chronic infections of humans and animals, decimate crop production and are a major impediment to socioeconomic development. Here we report a broad comparative study of 81 genomes of parasitic and non-parasitic worms. We have identified gene family births and hundreds of expanded gene families at key nodes in the phylogeny that are relevant to parasitism. Examples include gene families that modulate host immune responses, enable parasite migration though host tissues or allow the parasite to feed. We reveal extensive lineage-specific differences in core metabolism and protein families historically targeted for drug development. From an in silico screen, we have identified and prioritized new potential drug targets and compounds for testing. This comparative genomics resource provides a much-needed boost for the research community to understand and combat parasitic worms. Comparative study of 81 genomes of parasitic and non-parasitic worms identifies gene family births and expanded gene families at key nodes in the phylogeny that are relevant to parasitism and proteins historically targeted for drug development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,036
Score d'incertitude au seuil0,696

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,327
Écart entre enseignants0,314 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle