Characterization of a functional insertion sequence ISSau2 from Staphylococcus aureus
Notice bibliographique
Résumé
IS Sau2 has been suggested as a member of the IS 150 f subgroup in the IS3 family. It encodes a fusion transposase OrfAB produced by programmed − 1 translational frameshifting with two overlapping reading frames orfA and orfB . To better characterize IS Sau2 , the binding and cleaving activities of the IS Sau2 transposase and its transposition frequency were studied. The purified IS Sau2 transposase OrfAB was a functional protein in vitro since it bound specifically to IS Sau2 terminal inverted repeat sequences (IRs) and cleaved the transposon ends at the artificial mini-transposon pUC19-IRL-gfp-IRR. In addition, the transposition frequency of IS Sau2 in vivo was approximately 1.76 ± 0.13 × 10 − 3 , based on a GFP hop-on assay. Furthermore, OrfB cleaved IRs with the similar catalytic activity of OrfAB, while OrfA had no catalytic activity. Finally, either OrfA or OrfB significantly reduced the transposition of IS Sau2 induced by OrfAB. We have confirmed that IS Sau2 is a member of IS 150 /IS 3 family. The IS Sau2 transposase OrfAB could bind to and cleave the specific fragments containing the terminal inverted repeat sequences and induce the transposition, suggesting that IS Sau2 is at least partially functional. Meanwhile, both OrfA and OrfB inhibited the transposition by IS Sau2 . Our results will help understand biological roles of IS Sau2 in its host S. aureus .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».