PokMT1 from the Polyketomycin Biosynthetic Machinery of <i>Streptomyces diastatochromogenes</i> Tü6028 Belongs to the Emerging Family of <i>C</i>-Methyltransferases That Act on CoA-Activated Aromatic Substrates
Notice bibliographique
Résumé
Recent biochemical characterizations of the MdpB2 CoA ligase and MdpB1 C -methyltransferase ( C -MT) from the maduropeptin (MDP, 2 ) biosynthetic machinery revealed unusual pathway logic involving C-methylation occurring on a CoA-activated aromatic substrate. Here we confirmed this pathway logic for the biosynthesis of polyketomycin (POK, 3 ). Biochemical characterization unambiguously established that PokM3 and PokMT1 catalyze the sequential conversion of 6-methylsalicylic acid (6-MSA, 4 ) to form 3,6-dimethylsalicylyl-CoA (3,6-DMSA-CoA, 6 ), which serves as the direct precursor for the 3,6-dimethylsalicylic acid (3,6-DMSA) moiety in the biosynthesis of 3 . PokMT1 catalyzes the C-methylation of 6-methylsalicylyl-CoA (6-MSA-CoA, 5 ) with a k cat of 1.9 min –1 and a K m of 2.2 ± 0.1 μM, representing the most proficient C -MT characterized to date. Bioinformatics analysis of MTs from natural product biosynthetic machineries demonstrated that PokMT1 and MdpB1 belong to a phylogenetic clade of C -MTs that preferably act on aromatic acids. Significantly, this clade includes the structurally characterized enzyme SibL, which catalyzes C-methylation of 3-hydroxykynurenine in its free acid form, using two conserved tyrosine residues for catalysis. A homology model and site-directed mutagenesis suggested that PokMT1 also employs this unusual arrangement of tyrosine residues to coordinate C-methylation but revealed a large cavity capable of accommodating the CoA moiety tethered to 5 . CoA activation of the aromatic acid substrate may represent a general strategy that could be exploited to improve catalytic efficiency. This study sets the stage to further investigate and exploit the catalytic utility of this emerging family of C -MTs in biocatalysis and synthetic biology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».