Structural Insight into the Discrimination between 8-Oxoguanine Glycosidic Conformers by DNA Repair Enzymes: A Molecular Dynamics Study of Human Oxoguanine Glycosylase 1 and Formamidopyrimidine-DNA Glycosylase
Notice bibliographique
Résumé
hOgg1 and FPG are the primary DNA repair enzymes responsible for removing the major guanine (G) oxidative product, namely, 7,8-dihydro-8-oxoguanine (OG), in humans and bacteria, respectively. While natural G adopts the anti conformation and forms a Watson-Crick pair with cytosine (C), OG can also adopt the syn conformation and form a Hoogsteen pair with adenine (A). hOgg1 removes OG paired with C but is inactive toward the OG:A pair. In contrast, FPG removes OG from OG:C pairs and also exhibits appreciable (although diminished) activity toward OG:A pairs. As a first step toward understanding this difference in activity, we have employed molecular dynamics simulations to examine how the anti and syn conformers of OG are accommodated in the hOgg1 and FPG active sites. When anti-OG is bound, hOgg1 active site residues are properly aligned to initiate catalytic base departure, while geometrical parameters required for the catalytic reaction are not conserved for syn-OG. On the other hand, the FPG catalytic residues are suitably aligned for both OG conformers, with anti-OG being more favorably bound. Thus, our data suggests that the differential ability of hOgg1 and FPG to accommodate the anti- and syn-OG glycosidic conformations is an important factor that contributes to the relative experimental excision rates. Nevertheless, the positions of the nucleophiles with respect to the lesion in the active sites suggest that the reactant complex is poised to initiate catalysis through a similar mechanism for both repair enzymes and supports a recently proposed mechanism in which sugar-ring opening precedes nucleoside deglycosylation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».