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Enregistrement W2787785723 · doi:10.1101/234294

Genome-wide association analysis of lifetime cannabis use (N=184,765) identifies new risk loci, genetic overlap with mental health, and a causal influence of schizophrenia on cannabis use

2018· preprint· en· W2787785723 sur OpenAlexaff
Joëlle A. Pasman, Karin J. H. Verweij, Zachary Gerring, Sven Stringer, Sandra Sanchez‐Roige, Jorien L. Treur, Abdel Abdellaoui, Michel G. Nivard, Bart M. L. Baselmans, Jue‐Sheng Ong, Hill F. Ip, Matthijs D. van der Zee, Meike Bartels, Felix R. Day, Pierre Fontanillas, Sarah L. Elson, Harriet de Wit, Lea K. Davis, James MacKillop, Jaime Derringer, Susan Branje, Catharina A. Hartman, Andrew C. Heath, P.A.C. van Lier, Pamela A. F. Madden, Reedik Mägi, Wim Meeus, Grant W. Montgomery, Albertine J. Oldehinkel, Zdenka Pausová, Josep Antoni Ramos‐Quiroga, Tomáš Paus, Marta Ribasés, Jaakko Kaprio, Marco P. Boks, Jordana T. Bell, Tim D. Spector, Joel Gelernter, Dorret I. Boomsma, Nicholas G. Martin, Stuart MacGregor, John R. B. Perry, Abraham A. Palmer, Daniëlle Posthuma, Marcus R. Munafò, Nathan A. Gillespie, Eske M. Derks, Jacqueline M. Vink

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2018
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCannabis and Cannabinoid Research
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of TorontoMcMaster UniversityBaycrest HospitalSt. Joseph’s Healthcare Hamilton
Organismes subventionnairesEuropean Regional Development FundInstituto de Salud Carlos IIITartu ÜlikoolAcademy of FinlandNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekVrije Universiteit AmsterdamAgència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de RecercaNational Institutes of HealthGeneralitat de CatalunyaEuropean CommissionNational Alliance for Research on Schizophrenia and Depression
Mots-clésGenome-wide association studyCannabisSchizophrenia (object-oriented programming)Single-nucleotide polymorphismGenetic associationGeneticsPsychiatryBiologyMedicineGeneGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cannabis use is a heritable trait [1] that has been associated with adverse mental health outcomes. To identify risk variants and improve our knowledge of the genetic etiology of cannabis use, we performed the largest genome-wide association study (GWAS) meta-analysis for lifetime cannabis use (N=184,765) to date. We identified 4 independent loci containing genome-wide significant SNP associations. Gene-based tests revealed 29 genome-wide significant genes located in these 4 loci and 8 additional regions. All SNPs combined explained 10% of the variance in lifetime cannabis use. The most significantly associated gene, CADM2 , has previously been associated with substance use and risk-taking phenotypes [2–4]. We used S-PrediXcan to explore gene expression levels and found 11 unique eGenes. LD-score regression uncovered genetic correlations with smoking, alcohol use and mental health outcomes, including schizophrenia and bipolar disorder. Mendelian randomisation analysis provided evidence for a causal positive influence of schizophrenia risk on lifetime cannabis use.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,020

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,244
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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