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Enregistrement W2788442932 · doi:10.1038/s41467-018-03321-w

Divergent T-cell receptor recognition modes of a HLA-I restricted extended tumour-associated peptide

2018· article· en· W2788442932 sur OpenAlexaff
Kok Fei Chan, Benjamin S. Gully, Stéphanie Gras, Dennis X. Beringer, Lars Kjer‐Nielsen, Jonathan Cebon, James McCluskey, Weisan Chen, Jamie Rossjohn

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune Cell Function and Interaction
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesNational Health and Medical Research CouncilAustralian Research CouncilAustralian SynchrotronMedical Research CouncilLudwig Institute for Cancer Research
Mots-clésT-cell receptorEpitopeHuman leukocyte antigenPolyclonal antibodiesT cellPeptide sequenceAmino acidBiologyPeptideReceptorAntigenCell biologyChemistryImmune systemImmunologyGeneticsBiochemistryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Human leukocyte antigen (HLA)-I molecules generally bind short peptides (8–10 amino acids), although extended HLA-I restricted peptides (>10 amino acids) can be presented to T cells. However, the function of such extended HLA-I epitopes in tumour immunity, and how they would be recognised by T-cell receptors (TCR) remains unclear. Here we show that the structures of two distinct TCRs (TRAV4 + TRAJ21 + -TRBV28 + TRBJ2-3 + and TRAV4 + TRAJ8 + -TRBV9 + TRBJ2 - 1 + ), originating from a polyclonal T-cell repertoire, bind to HLA-B*07:02, presenting a 13-amino-acid-long tumour-associated peptide, NY-ESO-1 60–72 . Comparison of the structures reveals that the two TCRs differentially binds NY-ESO-1 60–72 –HLA-B*07:02 complex, and induces differing extent of conformational change of the NY-ESO-1 60–72 epitope. Accordingly, polyclonal TCR usage towards an extended HLA-I restricted tumour epitope translates to differing TCR recognition modes, whereby extensive flexibility at the TCR–pHLA-I interface engenders recognition.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,133
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations58
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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