Negative supercoiling of DNA by gyrase is inhibited in <i>Salmonella enterica</i> serovar Typhimurium during adaptation to acid stress
Notice bibliographique
Résumé
Summary DNA in intracellular Salmonella enterica serovar Typhimurium relaxes during growth in the acidified (pH 4–5) macrophage vacuole and DNA relaxation correlates with the upregulation of Salmonella genes involved in adaptation to the macrophage environment. Bacterial ATP levels did not increase during adaptation to acid pH unless the bacterium was deficient in MgtC, a cytoplasmic‐membrane‐located inhibitor of proton‐driven F1F0 ATP synthase activity. Inhibiting ATP binding by DNA gyrase and topo IV with novobiocin enhanced the effect of low pH on DNA relaxation. Bacteria expressing novobiocin‐resistant (NovR) derivatives of gyrase or topo IV also exhibited DNA relaxation at acid pH, although further relaxation with novobiocin was not seen in the strain with NovR gyrase. Thus, inhibition of the negative supercoiling activity of gyrase was the primary cause of enhanced DNA relaxation in drug‐treated bacteria. The Salmonella cytosol reaches pH 5–6 in response to an external pH of 4–5: the ATP‐dependent DNA supercoiling activity of purified gyrase was progressively inhibited by lowering the pH in this range, as was the ATP‐dependent DNA relaxation activity of topo IV. We propose that DNA relaxation in Salmonella within macrophage is due to acid‐mediated impairment of the negative supercoiling activity of gyrase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».