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Enregistrement W2791689282 · doi:10.1093/jcag/gwy008.197

A196 IDENTIFICATION OF AN IMMUNOSUPPRESSIVE DOMAIN IN HUMAN BETARETROVIRUS

2018· article· en· W2791689282 sur OpenAlexaff
Mandana Rahbari, David Sharon, Michael Houghton, Alleson Mason

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCytomegalovirus and herpesvirus research
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPrimary biliary cirrhosisProinflammatory cytokineImmune systemBiologyImmunologyT cellCD8Transmembrane proteinVirologyReceptorGeneticsInflammation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Primary biliary cholangitis (PBC) is a slowly progressing autoimmune liver disease characterized by immune destruction of the interlobular bile ducts. While the etiology of PBC is unknown, it is thought to involve an environmental trigger in a genetically susceptible individual. Among environmental factors studied to date, only the human betaretrovirus (HBRV) has been reproducibly detected in PBC patients’ biliary epithelium. Recent studies have shown that the majority of PBC patients as well as proportion of patients with AIH and cryptogenic cirrhosis have evidence of HBRV RNA and proviral integrations in their biliary epithelium Previous studies suggest that PBC patiens make proinflammatory responses to HBRV proteins. Using overlapping peptides of the HBRV Gag and Env, we have found that 38% of PBC patients had memory CD8+ T-cell responses to HBRV Gag with intracellular IFN-γ and TNF-α production. Whereas only 7% of patients demonstrated proinflammtory responses by T-cells to HBRV Env stimulation in identical experiments. The finding of significant diminished proinflammatory T-cell response to HBRV Env versus HBRV Gag in PBC patients and our prior experience of finding diminished humoral responses to HBRV Env suggested a hypothesis that the HBRV Env may contain an immunosuppressive domain (ISD), a highly conserved sequence in transmembrane (TM) protein of retroviruses (such as HIV-1, MuLV and HERV-K) that induces immunoregulatory effect on the immune system In order to determine whether HBRV Env contains an ISD, we used 85 overlapping 18-mer individual HBRV peptides corresponding to SU and TM proteins to stimulate healthy PBMC. We examined whether individual peptides induced IL-10, IL-4, and IL-6 secretion. PBMCs (3 × 105 cells/well) from a healthy donor were incubated with individual HBRV SU and TM peptides for 24 hrs prior to collection of the supernatants. IL-10, IL-4, and IL-6 levels were then measured by Mesoscale analysis We identified a single peptide homologous to other retroviral ISDs located in HBRV TM protein that lead to IL-10, IL-4, and IL-6 production. In order to validate the identification of the HBRV ISD we repeated the experiment using HBRV ISD sequences with a single AA difference. The mutations were selected based on the homology of the potential HBRV ISD with known conserved ISDs in other retroviruses. Accordingly, we were able to identify the functionally important AAs in the ISD within the HBRV TM that triggered IL-10, IL-4, and IL-6 production by selectively altering the AAs in the HBRV ISD sequence These studies are important because they show how HBRV potentially avoids the immune attack to HBRV Env and tolerizes the host to viral infection. Further studies will be required to determine its other functional properties as well as the implications of this finding surrounding the pathophysiology underlying PBC CIHR

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,293
Écart entre enseignants0,280 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2018
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