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Enregistrement W2791834443 · doi:10.1101/257790

Mitochondrial targeting of glycolysis in a major lineage of eukaryotes

2018· preprint· en· W2791834443 sur OpenAlexaff
Carolina Río Bártulos, Matthew B. Rogers, Tom A. Williams, Eleni Gentekaki, Henner Brinkmann, Rüdiger Cerff, Marie-Françoise Liaud, Adrian B. Hehl, Nigel Yarlett, Ansgar Gruber, Peter G. Kroth, Mark van der Giezen

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2018
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtist diversity and phylogeny
Établissements canadiensUniversité de MontréalDalhousie University
Organismes subventionnairesUniversität KonstanzDeutsche ForschungsgemeinschaftWellcome TrustGordon and Betty Moore Foundation
Mots-clésGlycolysisMitochondrionBiologyCell biologyCytosolBiochemistryHexokinaseOomyceteOrganelleProteasesEnzymeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Glycolysis is a major cytosolic catabolic pathway that provides ATP for many organisms 1 . Mitochondria play an even more important role in the provision of additional cellular ATP for eukaryotes 2 . Here, we show that in many stramenopiles, the C3 part of glycolysis is localised in mitochondria. We discovered genuine mitochondrial targeting signals on the six last enzymes of glycolysis. These targeting signals are recognised and sufficient to import GFP into mitochondria of a heterologous host. Analysis of eukaryotic genomes identified these targeting signals on many glycolytic C3 enzymes in a large group of eukaryotes found in the SAR supergroup 3 , in particular the stramenopiles. Stramenopiles, or heterokonts, are a large group of ecologically important eukaryotes that includes multi- and unicellular algae such as kelp and diatoms, but also economically important oomycete pathogens such as Phytophthora infestans. Confocal immunomicroscopy confirmed the mitochondrial location of glycolytic enzymes for the human parasite Blastocystis. Enzyme assays on cellular fractions confirmed the presence of the C3 part of glycolysis in Blastocystis mitochondria. These activities are sensitive to treatment with proteases and Triton X-100 but not proteases alone. Our work clearly shows that core cellular metabolism is more plastic than previously imagined and suggests new strategies to combat stramenopile pathogens such as the causative agent of late potato blight, P. infestans.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,209
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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