Salmonella Thompson outbreak associated with consumption of chicken shawarma and the usefulness of genome sequencing in the investigation
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: . Thompson) cases distributed throughout three border regions in the province of Quebec in November 2016 triggered a provincial investigation to identify a common source of contamination and to put the appropriate control measures into place. OBJECTIVE: To report on the outbreak and to describe the use of genomic sequencing to identify the salmonella serotype responsible. METHODS: serogroup C1 that had occurred between October 1, 2016 and February 15, 2017 was conducted. A case definition was developed. Pulsed field gel electrophoresis supplemented by analyses of genome sequences using the single nucleotide variant phylogenomics method were used to demarcate and manage the outbreak. RESULTS: Thompson were identified through whole genome sequencing. The onset dates of symptoms for the 16 cases that presented enteric symptoms were November 21-December 2, 2016. Two cases that presented with atypical symptoms were not reported until February 2017. Among the 18 cases, 16 had eaten or probably eaten chicken shawarma at the same restaurant chain and nine of these cases ate it at the same restaurant. In total, five restaurants from this chain, spread throughout three border regions of Quebec, were identified. CONCLUSION: Outbreaks associated with chicken shawarma have been identified in the past. Efforts must be made to ensure that the owners of this type of restaurant know the contamination risk associated with this type of cooking and take the necessary steps to reduce this risk. The use of the genome sequencing method was very useful in defining the outbreak.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».