Finding reliable phenotypes and detecting artefacts among <i>in vivo</i> and <i>in vitro</i> assays to characterize the refractory transcriptional activator Sxy (TfoX) in <i>Escherichia coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Sxy (TfoX) protein is required for expression of a distinct subset of the genes regulated by the cAMP receptor protein (CRP) in the model organisms Escherichia coli , Haemophilus influenzae , and Vibrio cholerae . Genetic studies have established that CRP and Sxy co-activate transcription at gene promoters containing DNA binding sites called CRP-S sites. In contrast, CRP acts without Sxy at gene promoters containing canonical CRP-N sites, suggesting that Sxy makes physical contacts with CRP and/or DNA to assist in transcriptional activation at CRP-S promoters. Despite growing interest in Sxy’s activity as a transcription factor, Sxy remains poorly characterized due to a lack of reliable phenotypes in E. coli . Experiments are further hampered by growth inhibition and formation of inclusion bodies when Sxy is overexpressed. In this study we applied diverse phenotypic and molecular assays to test for postulated Sxy functions and interactions. Mutations in conserved regions of Sxy and truncations in the Sxy C-terminus abolish transcriptional activation of a CRP-S promoter, and a 37 amino acid truncation of the C-terminus relieves the growth inhibition normally caused by Sxy overexpression. Sxy was unable to augment weakened CRP interactions to restore carbon metabolism phenotypes. Bandshift analysis and chromatin pull-down assays of Sxy-CRP-DNA interactions yielded intriguing evidence of CRP-Sxy and Sxy-DNA physical interactions. However, despite the careful application of standard protein purification protocols and quality control steps for nickel affinity column purification, protein mass spectrometry revealed the enrichment of additional DNA-binding proteins in nickel column eluates, presenting a probable source of artefactual protein-protein and protein-DNA interaction results. These findings highlight the importance of extensive controls and phenotypic assays for the study of poorly characterized and recalcitrant proteins like Sxy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».