Phylogenetic analysis of microcystin biosynthesis gene-<i>mcyF</i> from <i>Microcystis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Microcystinは淡水藍藻の一部の種が産生する非リボソ―ムペプチドであり、強力な肝臓毒として知られている。このMicrocystin生合成のためにはD-glutamate と D-MeAsp/D-aspartateをペプチド骨格に組み込むラセマーゼ活性が必要となる。本研究ではmicrocystin合成酵素遺伝子mcyクラスターに位置するラセマーゼ遺伝子mcyFに着目し、microcystin産生藍藻の系統発生について考察を行った。13株のmicrocystin産生藍藻株においてmcyFホモログ遺伝子が確認され、McyFはmicrocystin生合成に関連する酵素と言える。9株のMcyFのアミノ酸解析ならびに系統発生解析を行った。保存されたアミノ酸モチーフの解析結果からMcyFはglutamate racemase よりaspartate racemaseの機能をすることが予想された。系統発生解析の結果から、McyFがaspartate/glutamate racemaseの系統樹において明らかにaspartateのグループに近い位置にあることが判明した。
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».